問：我們是一家專業(yè)運輸、裝卸企業(yè)，因不符合自開運輸發(fā)票條件，發(fā)生運輸業(yè)務時如對方要求開具運輸發(fā)票就按規(guī)定程序向主管稅務機關申請代開運輸發(fā)票。請問：稅務機關鑒定我公司按收入總額的6%核定應納稅所得率計算征收企業(yè)所得稅。代開發(fā)票按3.3%征收所得。我們公司每月將自開普通發(fā)票與代開運輸發(fā)票的收入合并后按6%的應稅所得率計算當月應繳所得稅，然后減去代開發(fā)票時已繳的企業(yè)所得稅，按差額申報當月所得稅。但是，稅務機關不允許我們申報時抵扣代開發(fā)票時已繳的企業(yè)所得稅，他們說是根據國家稅務總局的規(guī)定，對核定征收企業(yè)不準抵扣。
我們認為：國稅發(fā)［2004］88號文所提到的不準抵扣是針對定期定額征收企業(yè)所得稅方式的企業(yè)，年度終了不清算，并非針對核定應納稅所得率征收方式征收企業(yè)所得稅的企業(yè)。因為年度匯算清繳政策明確規(guī)定：查賬征收和核定應納稅所得率兩種征收方式的企業(yè)都必須進行匯算清繳，如果代開發(fā)票時已繳稅款，不允許抵扣，對運輸企業(yè)代開運輸發(fā)票的這部分收入如何進行年度申報，一個專業(yè)運輸企業(yè)，所得稅出現兩種稅率如何處理？對我們按收入總額核定征收企業(yè)所得稅的企業(yè)，能正確核算收入，為什么專業(yè)運輸企業(yè)不能抵扣代開運輸發(fā)票已繳所得稅？如果不能抵扣，如何填寫企業(yè)年度納稅申報表？適用稅率如何填寫？
答：關于貨運發(fā)票開具問題。國稅發(fā)國稅發(fā)［2004］88號規(guī)定，按代開票納稅人管理的所有單位和個人（包括外商投資企業(yè)、特區(qū)企業(yè)和其他單位、個人），凡按規(guī)定應當征收營業(yè)稅，在代開貨物運輸業(yè)發(fā)票時一律按開票金額3%征收營業(yè)稅，按營業(yè)稅稅款7%預征城建稅，按營業(yè)稅稅款3%征收教育附加費。同時按開票金額3.3%預征所得稅，預征的所得稅年終時進行清算。但代開票納稅人實行核定征收企業(yè)所得稅辦法的，年終不再進行所得稅清算。
據此，貴單位實行核定征收企業(yè)所得稅辦法的，年終不再進行所得稅清算。
目前，稅務機關在企業(yè)所得稅采用定期定額征收只針對個體工商戶，因此，企業(yè)納稅人預繳稅款或年終進行匯算清繳時，應按規(guī)定填寫《中華人民共和國企業(yè)所得稅月（季）度預繳納稅申報表（B類）》，在規(guī)定的納稅申報時限內報送主管稅務機關。
《企業(yè)所得稅核定征收辦法》規(guī)定，對符合查賬征收條件的納稅人，要及時調整征收方式，實行查賬征收。
據此，貴單位對稅務機關確定的企業(yè)所得稅征收方式、核定的應納所得稅額或應稅所得率有異議的，應當提供合法、有效的相關證據，稅務機關經核實認定后調整有異議的事項。