問(wèn)題內(nèi)容：新辦物流企業(yè)由于資源與地方規(guī)定自開(kāi)票有差距，代開(kāi)發(fā)票由主管地方稅務(wù)機(jī)關(guān)按發(fā)票金額3.3預(yù)征所得稅，國(guó)稅規(guī)定我們實(shí)行查賬征收、需要按季按25%稅率征收所得稅、并當(dāng)期不得抵減開(kāi)具發(fā)票時(shí)已向地稅機(jī)關(guān)已預(yù)交3.3的所得稅、有法律依據(jù)嗎？我們認(rèn)為向國(guó)稅機(jī)關(guān)申報(bào)所得稅時(shí)應(yīng)當(dāng)將向地稅機(jī)關(guān)預(yù)交的3.3%所得稅作為國(guó)稅申報(bào)時(shí)的已經(jīng)預(yù)交數(shù)進(jìn)行抵減、年終進(jìn)行匯算清繳才符合稅法的立法原則，請(qǐng)問(wèn)相關(guān)法律依據(jù)級(jí)規(guī)定。
回復(fù)意見(jiàn)：根據(jù)《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于貨物運(yùn)輸業(yè)若干稅收問(wèn)題的通知》（國(guó)稅發(fā)[2004]第088號(hào)）文件的規(guī)定：四、關(guān)于貨運(yùn)發(fā)票開(kāi)具問(wèn)題（一）按代開(kāi)票納稅人管理的所有單位和個(gè)人（包括外商投資企業(yè)、特區(qū)企業(yè)和其他單位、個(gè)人），凡按規(guī)定應(yīng)當(dāng)征收營(yíng)業(yè)稅，在代開(kāi)貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票時(shí)一律按開(kāi)票金額3%征收營(yíng)業(yè)稅，按營(yíng)業(yè)稅稅款7%預(yù)征城建稅，按營(yíng)業(yè)稅稅款3%征收教育附加費(fèi)。同時(shí)按開(kāi)票金額3.3%預(yù)征所得稅，預(yù)征的所得稅年終時(shí)進(jìn)行清算。但代開(kāi)票納稅人實(shí)行核定征收企業(yè)所得稅辦法的，年終不再進(jìn)行所得稅清算。
因此，貴公司代開(kāi)發(fā)票時(shí)預(yù)征的所得稅在年終時(shí)進(jìn)行清算。
上述回復(fù)僅供參考。有關(guān)具體辦理程序方面的事宜請(qǐng)直接向您的主管或所在地稅務(wù)機(jī)關(guān)咨詢。