應(yīng)用控制和具體的應(yīng)用系統(tǒng)有關(guān)，是為確保數(shù)據(jù)處理完整、正確而實施的控制。

　　數(shù)據(jù)采集控制

　　電子商務(wù)環(huán)境下的會計數(shù)據(jù)采集分為兩種類型：手工采集和自動采集。

　　手工采集方式下的控制：第一，原始單據(jù)審核控制。原始單據(jù)的審核實際上是對數(shù)據(jù)合法性的認定，財務(wù)人員應(yīng)根據(jù)審核無誤的單證輸入有關(guān)業(yè)務(wù)數(shù)據(jù)，既不能重復(fù)，也不能遺漏，更不能擅自修改。確保輸入系統(tǒng)的數(shù)據(jù)均被批準是輸入控制的首要任務(wù)。第二，輸入正確性控制。數(shù)據(jù)輸入到計算機中后，在送入計算機處理之前要對數(shù)據(jù)進行人工目測核對，看輸入的數(shù)據(jù)和原始單據(jù)有什么差異；然后，利用嵌入到計算機中校驗程序進行檢驗。第三，數(shù)據(jù)輸入完整性控制。在數(shù)據(jù)輸入時，對一批處理的業(yè)務(wù)單證，以某種特征為基礎(chǔ)（如憑證張數(shù)、金額）計算總數(shù)，輸入該批業(yè)務(wù)之后，由計算機程序自動計算該批總數(shù)，二者予以核對，判斷該批業(yè)務(wù)是否全部輸入到計算機。第四，錯誤糾正控制。對于輸入到系統(tǒng)中的錯誤數(shù)據(jù)應(yīng)提供改正和重新輸入的機會，并且對改錯與重新輸入也要實施控制，要保留修改痕跡。

　　自動采集方式下的控制：第一，網(wǎng)上公證控制：利用網(wǎng)絡(luò)的實時傳遞功能實現(xiàn)原始交易憑證的三方監(jiān)控。比如，每一家企業(yè)都在互聯(lián)網(wǎng)認證機構(gòu)申請數(shù)字簽名和私有密鑰，當(dāng)交易發(fā)生時，交易雙方將單據(jù)或有關(guān)證明均傳到認證機構(gòu)，由認證機構(gòu)核對確認，進行數(shù)字簽名并予以加密，然后將已加密憑證和未加密憑證同時轉(zhuǎn)發(fā)給雙方，這樣就完成了一筆交易雙方認可并經(jīng)互聯(lián)網(wǎng)認證機構(gòu)公證的交易。在這種交易中，交易一方因無法獲得另一方的數(shù)字簽名和私有密鑰，很難偽造或篡改交易憑證。主管人員或?qū)徲嬋藛T一旦對某筆業(yè)務(wù)產(chǎn)生懷疑，只需將加密憑證提交客戶和認證機構(gòu)解密，將其結(jié)果與未加密的憑證對照，問題便迎刃而解。第二，電子單據(jù)審查控制：對于取得的電子單據(jù)要進行審查，審查電子單據(jù)的簽名、電子單據(jù)的合法與正確性等，以便為進一步的處理打下基礎(chǔ)。

　　數(shù)據(jù)處理控制

　　處理控制是通過預(yù)先編好的計算機程序?qū)崿F(xiàn)的。常用的控制措施有：

　　處理權(quán)限控制。應(yīng)用程序中應(yīng)設(shè)計處理權(quán)限授權(quán)功能，只有經(jīng)過授權(quán)批準的人員才能執(zhí)行處理操作。

　　參照檢測控制。利用某些數(shù)據(jù)處理結(jié)果應(yīng)當(dāng)與另一組數(shù)據(jù)處理結(jié)果相等，或具有其他對應(yīng)關(guān)系而對數(shù)據(jù)處理的正確性實施控制。

　　合理性檢驗控制。由計算機程序為數(shù)據(jù)處理結(jié)果確定一個合理的范圍，如果數(shù)據(jù)處理結(jié)果溢出范圍，則系統(tǒng)應(yīng)自動報警，通知有關(guān)人員，以便查明原因。

　　業(yè)務(wù)時序控制。在應(yīng)用系統(tǒng)處理業(yè)務(wù)的過程中，許多處理都是有順序關(guān)系的，違反順序的處理應(yīng)該通過預(yù)先設(shè)置的檢查發(fā)現(xiàn)。

　　審計跟蹤控制。在數(shù)據(jù)處理過程中，應(yīng)當(dāng)產(chǎn)生必要的審計跟蹤，以便對各項交易進行追蹤審查。對于系統(tǒng)成功處理的交易應(yīng)記錄在交易日志中，交給適當(dāng)?shù)挠脩艉藢εc系統(tǒng)的輸入是否一致；未能成功處理的交易應(yīng)記錄在錯誤文件中，交給適當(dāng)?shù)挠脩艏m正錯誤并重新提交。

　　備份及恢復(fù)控制。在會計信息系統(tǒng)運行過程中，偶爾也會出現(xiàn)因意外情況而中斷處理的情況，如果此時正在對文件進行更新處理，數(shù)據(jù)的完整性將會受到破壞。因此，應(yīng)當(dāng)做一些必要的備份，一旦處理過程發(fā)生意外中斷，可恢復(fù)到處理前的狀態(tài)，并再次進行處理，從而保證數(shù)據(jù)處理的正確性。

　　數(shù)據(jù)輸出控制

　　輸出控制主要是保證輸出信息的正確性，并且要保證輸出信息只能提供給經(jīng)過授權(quán)的使用者。輸出控制主要包括：

　　輸出數(shù)據(jù)的正確性控制。在IT環(huán)境下，特別是在集成環(huán)境中，數(shù)據(jù)的輸出有財務(wù)軟件的保證，一般不會出現(xiàn)錯誤。但以防萬一還是應(yīng)該采取多種手段進行控制，如：合計數(shù)控制、抽樣統(tǒng)計控制、數(shù)據(jù)稽核控制等。

　　輸出權(quán)限控制。信息系統(tǒng)的輸出方式有屏幕顯示、打印輸出和電子版本輸出（磁盤輸出）。對于這三種方式都要設(shè)立相應(yīng)的權(quán)限控制，可以與軟件集成，只有特定的、經(jīng)過授權(quán)的用戶才可以執(zhí)行輸出操作，而且不同權(quán)限的人應(yīng)該只能輸出相應(yīng)權(quán)限的內(nèi)容。

　　輸出資料分發(fā)控制。資料輸出后，可能要分給需要會計資料的人，資料只能分發(fā)給有權(quán)接受資料的人，此時，可以采用組織控制的方法和利用登記制度加強控制。