根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于新版公路、內(nèi)河貨物運(yùn)輸業(yè)統(tǒng)一發(fā)票有關(guān)使用問題的通知》（國稅發(fā)[2007]101號(hào)）精神，受票方取得貨運(yùn)發(fā)票后，發(fā)生開票有誤等情形但不符合作廢條件或者因運(yùn)費(fèi)部分退回需要開具紅字發(fā)票的，應(yīng)由受票方向其主管稅務(wù)機(jī)關(guān)填報(bào)《開具紅字公路、內(nèi)河貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票申請單》（以下簡稱《申請單》）。受票方主管稅務(wù)機(jī)關(guān)對《申請單》審核無誤后，簽發(fā)《開具紅字公路、內(nèi)河貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票通知單》（以下簡稱《通知單》），然后，受票方持《通知單》要求承運(yùn)方開具紅字運(yùn)輸發(fā)票。如果原發(fā)票是由稅務(wù)機(jī)關(guān)或代開票中介機(jī)構(gòu)代開的，則由承運(yùn)方負(fù)責(zé)到原代開方辦理開具紅字運(yùn)輸發(fā)票事宜。
但在開具紅字發(fā)票過程中應(yīng)注意以下幾個(gè)問題：
1、在開具紅字發(fā)票前，如果開票方（指自開票納稅人）和受票方均未記賬、貨運(yùn)發(fā)票全部聯(lián)次可以收回、同時(shí)代開發(fā)票單位代扣的稅款也未入庫的，應(yīng)對全部聯(lián)次監(jiān)制章部位做剪口處理后封存，不再開具紅字發(fā)票，重新開具藍(lán)字發(fā)票即可；但如果有一方已經(jīng)入賬、貨運(yùn)發(fā)票不能全部聯(lián)次收回、或代開發(fā)票單位已將代扣的稅款入庫時(shí)，則必須開具紅字發(fā)票。需要注意的是：在這種情況下，在下次領(lǐng)購新貨運(yùn)發(fā)票時(shí)應(yīng)將剪口后的貨運(yùn)發(fā)票全部聯(lián)次交稅務(wù)機(jī)關(guān)查驗(yàn)留存。
2、受票方為營業(yè)稅納稅人的，應(yīng)提供地稅主管稅務(wù)機(jī)關(guān)簽發(fā)的《通知單》；受票方為增值稅納稅人的，應(yīng)提供國稅主管稅務(wù)機(jī)關(guān)簽發(fā)的《通知單》。
3、開具紅字發(fā)票時(shí)應(yīng)在價(jià)稅合計(jì)的大寫金額第一字前加“負(fù)數(shù)”字，在小寫金額前加“-”號(hào)。
4、月末在報(bào)送稅控盤（或傳輸盤）數(shù)據(jù)時(shí)應(yīng)將《通知單》一并交主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核、比對；比對不符的，不再允許開具紅字貨運(yùn)發(fā)票，并按有關(guān)規(guī)定進(jìn)行處理。
5、不論是自開票納稅人還是代開票納稅人，因開具紅字運(yùn)輸發(fā)票而多繳的稅款，要及時(shí)向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)（地稅部門）申請辦理退庫手續(xù)。