1.成本費用中公司費用與股東個人消費混雜在一起不能劃分清楚，按照《個人所得稅法》及國家稅務總局的有關規(guī)定，上述事項視同為股東從公司分得了股利，須代扣代繳個人所得稅，相關費用不得計入公司成本費用。
2.在以現(xiàn)金方式支付員工工資時，無員工簽領確認的工資單；或雖有簽字，皆為同一人筆跡；或公司員工的工資上限都人為控制在個人所得稅的扣稅標準左右或以內；給人以假賬嫌疑。
3.很多公司財務人員忽視了印花稅的申報（如實收資本及資本公積的印花稅、會計賬簿的印花稅等）。
4.一些公司財務人員忽視了房產稅的申報，關聯(lián)方提供辦公場地、生產場地給企業(yè)使用，未按規(guī)定申報房產稅，在稅務稽查時會帶來補稅、罰款及加收滯納金的風險。
5.將應由出租公司承擔的稅金在本公司列支，計稅依據被降低，變向偷逃了營業(yè)稅等，也不可以在企業(yè)所得稅前列支。
6.免抵退生產企業(yè)未按照當期免抵稅額計繳城建稅及教育費附加。
7.公司可以向稅局申請返還最近三年代扣代繳個人所得稅納稅總額2%的代扣代繳手續(xù)費，且用于辦稅人員的開支可免個人所得稅，不少代扣代繳個人所得稅較多的公司未及時辦理返還手續(xù)，造成損失。
8.新認定的高新技術企業(yè)在三年內，繳納的增值稅比上年度增長部分，可以申請返還地方財政分成的一半（即繳納增值稅的增量部分12.5%），不少企業(yè)未及時辦理。
9.股東個人的股票投資以公司名義進行，如果出現(xiàn)收益，將額外增加企業(yè)所得稅稅負及由此產生的利潤分紅所導致的個人所得稅稅負，不劃算。
10.公司終止經營時，不辦理稅務注銷，該公司法定代表人和股東將上黑名單，今后如在深圳再設立公司等，須處理完遺留事情后方可辦理。