無論是法定保險(xiǎn)或是年金，都應(yīng)分為企業(yè)為個(gè)人繳納部分與個(gè)人實(shí)際繳納部分分別處理。
（一）個(gè)人實(shí)際繳納部分，法定保險(xiǎn)允許在其個(gè)人所得稅前扣除，而年金則不能在個(gè)稅前扣除。
依據(jù)財(cái)稅[2006]10號(hào)第一條規(guī)定，個(gè)人按照國(guó)家或�。ㄗ灾螀^(qū)、直轄市）人民政府規(guī)定的繳費(fèi)比例或辦法實(shí)際繳付的基本養(yǎng)老保險(xiǎn)費(fèi)、基本醫(yī)療保險(xiǎn)費(fèi)和失業(yè)保險(xiǎn)費(fèi)，允許在個(gè)人應(yīng)納稅所得額中扣除；而國(guó)稅函[2009]694號(hào)文件第二條則規(guī)定，個(gè)人繳納年金部分不能在計(jì)算個(gè)人所得稅前進(jìn)行扣除。
如：王某當(dāng)月工資4000元，扣除個(gè)人實(shí)際繳納的基本養(yǎng)老保險(xiǎn)、基本醫(yī)療保險(xiǎn)費(fèi)和失業(yè)保險(xiǎn)費(fèi)、公積金后余3080元，企業(yè)建立了年金制度，個(gè)人實(shí)際繳納160元，王某當(dāng)月領(lǐng)取工資2920元。則依據(jù)上述規(guī)定，王某雖然當(dāng)月實(shí)際領(lǐng)取工資為2920元，但其當(dāng)月應(yīng)納稅所得額應(yīng)為3080元（2920 160），即個(gè)人實(shí)際繳納的160元年金部分不能作稅前扣除，需要計(jì)入到其王某當(dāng)月的工資薪金中計(jì)算繳納個(gè)人所得稅。
（二）企業(yè)為個(gè)人所繳納的法定保險(xiǎn)有免稅部分，而年金應(yīng)全額征收個(gè)人所得稅。
依據(jù)《財(cái)政部、國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于基本養(yǎng)老保險(xiǎn)費(fèi)基本醫(yī)療保險(xiǎn)費(fèi)失業(yè)保險(xiǎn)費(fèi)住房公積金有關(guān)個(gè)人所得稅政策的通知》（財(cái)稅[2006]10號(hào)）第一條規(guī)定，企事業(yè)單位按照國(guó)家或�。ㄗ灾螀^(qū)、直轄市）人民政府規(guī)定的繳費(fèi)比例或辦法實(shí)際繳付的基本養(yǎng)老保險(xiǎn)費(fèi)、基本醫(yī)療保險(xiǎn)費(fèi)和失業(yè)保險(xiǎn)費(fèi)，免征個(gè)人所得稅，但需要注意的是，對(duì)于超過規(guī)定的比例和標(biāo)準(zhǔn)繳付的基本養(yǎng)老保險(xiǎn)費(fèi)、基本醫(yī)療保險(xiǎn)費(fèi)和失業(yè)保險(xiǎn)費(fèi)，應(yīng)將超過部分并入個(gè)人當(dāng)期的工資、薪金收入，計(jì)征個(gè)人所得稅，即法定保險(xiǎn)是有免征部分的；而國(guó)稅函[2009]694號(hào)文件第二條則規(guī)定，企業(yè)年金的企業(yè)繳費(fèi)計(jì)入個(gè)人賬戶的部分是需要計(jì)征個(gè)人所得稅的，在該文件中同時(shí)規(guī)定，年金在計(jì)入個(gè)人賬戶時(shí)，應(yīng)視為個(gè)人一個(gè)月的工資、薪金（不與正常工資、薪金合并），不扣除任何費(fèi)用，按照“工資、薪金所得”項(xiàng)目計(jì)算當(dāng)期應(yīng)納個(gè)人所得稅款，并由企業(yè)在繳費(fèi)時(shí)代扣代繳。
舉例說明：接上例，王某當(dāng)月應(yīng)納稅所得額為3080元，而王某所在企業(yè)為其繳納年金160元，則王某當(dāng)月實(shí)際應(yīng)繳納個(gè)人所得稅應(yīng)為：
[（3080-2000）×10%-25] 160×5%=83 8=91（元）
即：王某當(dāng)月個(gè)人所得稅應(yīng)繳納91元。