高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定的程序如下：
（一）企業(yè)自我評(píng)價(jià)及申請(qǐng)
企業(yè)登錄“高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作網(wǎng)”，對(duì)照本辦法第十條規(guī)定條件，進(jìn)行自我評(píng)價(jià)。認(rèn)為符合認(rèn)定條件的，企業(yè)可向認(rèn)定機(jī)構(gòu)提出認(rèn)定申請(qǐng)。
（二）提交下列申請(qǐng)材料
1. 高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定申請(qǐng)書；
2. 企業(yè)營(yíng)業(yè)執(zhí)照副本、稅務(wù)登記證（復(fù)印件）；
3. 知識(shí)產(chǎn)權(quán)證書（獨(dú)占許可合同），新產(chǎn)品或新技術(shù)證明（查新）材料、產(chǎn)品質(zhì)量檢驗(yàn)報(bào)告、省級(jí)以上科技計(jì)劃立項(xiàng)證明，以及其他相關(guān)證明材料；
4. 企業(yè)職工人數(shù)、學(xué)歷結(jié)構(gòu)以及研發(fā)人員占企業(yè)職工的比例說明；
5. 經(jīng)具有資質(zhì)的中介機(jī)構(gòu)鑒證的企業(yè)近三個(gè)會(huì)計(jì)年度研究開發(fā)費(fèi)用情況表（實(shí)際年限不足三年的按實(shí)際經(jīng)營(yíng)年限），并附研究開發(fā)活動(dòng)說明材料；
6. 經(jīng)具有資質(zhì)的中介機(jī)構(gòu)鑒證的企業(yè)近三個(gè)會(huì)計(jì)年度的財(cái)務(wù)報(bào)表（含資產(chǎn)負(fù)債表、損益表、現(xiàn)金流量表，實(shí)際年限不足三年的按實(shí)際經(jīng)營(yíng)年限）以及技術(shù)性收入的情況表。
（三）合規(guī)性審查
認(rèn)定機(jī)構(gòu)應(yīng)建立高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定評(píng)審專家?guī)?依據(jù)企業(yè)的申請(qǐng)材料，抽取專家?guī)靸?nèi)專家對(duì)申報(bào)企業(yè)進(jìn)行審查，提出認(rèn)定意見。
（四）認(rèn)定、公示與備案
認(rèn)定機(jī)構(gòu)對(duì)企業(yè)進(jìn)行認(rèn)定。經(jīng)認(rèn)定的高新技術(shù)企業(yè)在“高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作網(wǎng)”上公示15個(gè)工作日，沒有異議的，報(bào)送領(lǐng)導(dǎo)小組辦公室備案，在“高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作網(wǎng)”上公告認(rèn)定結(jié)果，并向企業(yè)頒發(fā)統(tǒng)一印制的“高新技術(shù)企業(yè)證書”。
第十二條 高新技術(shù)企業(yè)資格自頒發(fā)證書之日起有效期為三年。企業(yè)應(yīng)在期滿前三個(gè)月內(nèi)提出復(fù)審申請(qǐng)，不提出復(fù)審申請(qǐng)或復(fù)審不合格的，其高新技術(shù)企業(yè)資格到期自動(dòng)失效。
第十三條 高新技術(shù)企業(yè)復(fù)審須提交近三年開展研究開發(fā)等技術(shù)創(chuàng)新活動(dòng)的報(bào)告。
復(fù)審時(shí)應(yīng)重點(diǎn)審查第十條(四)款，對(duì)符合條件的，按照第十一條（四）款進(jìn)行公示與備案。
通過復(fù)審的高新技術(shù)企業(yè)資格有效期為三年。期滿后，企業(yè)再次提出認(rèn)定申請(qǐng)的，按本辦法第十一條的規(guī)定辦理。
第十四條 高新技術(shù)企業(yè)經(jīng)營(yíng)業(yè)務(wù)、生產(chǎn)技術(shù)活動(dòng)等發(fā)生重大變化（如并購(gòu)、重組、轉(zhuǎn)業(yè)等）的，應(yīng)在十五日內(nèi)向認(rèn)定管理機(jī)構(gòu)報(bào)告；變化后不符合本辦法規(guī)定條件的，應(yīng)自當(dāng)年起終止其高新技術(shù)企業(yè)資格;需要申請(qǐng)高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定的，按本辦法第十一條的規(guī)定辦理。
高新技術(shù)企業(yè)更名的，由認(rèn)定機(jī)構(gòu)確認(rèn)并經(jīng)公示、備案后重新核發(fā)認(rèn)定證書，編號(hào)與有效期不變。