國家稅務總局《關于調整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關問題的通知》（國稅函[2009]617號）規(guī)定，增值稅一般納稅人取得2010年1月1日以后開具的增值稅專用發(fā)票、公路內河貨物運輸業(yè)統(tǒng)一發(fā)票和機動車銷售統(tǒng)一發(fā)票，應在開具之日起180日內到稅務機關辦理認證，并在認證通過的次月申報期內，向主管稅務機關申報抵扣進項稅額。未在規(guī)定期限內到稅務機關辦理認證、申報抵扣或者申請稽核比對的，不得作為合法的增值稅扣稅憑證，不得計算進項稅額抵扣。國稅函[2009]617號文件還規(guī)定，增值稅一般納稅人丟失已開具的增值稅專用發(fā)票，應在第一條規(guī)定的期限內，按照國家稅務總局《關于修訂〈增值稅專用發(fā)票使用規(guī)定〉的通知》（國稅發(fā)[2006]156號）第二十八條及相關規(guī)定辦理。
國稅發(fā)[2006]156號文件第二十八條規(guī)定，一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的發(fā)票聯和抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，購買方憑銷售方提供的相應專用發(fā)票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應專用發(fā)票記賬聯復印件到主管稅務機關進行認證，認證相符的憑該專用發(fā)票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，可使用專用發(fā)票發(fā)票聯復印件留存?zhèn)洳椤Ｈ绻麃G失前未認證的，可使用專用發(fā)票發(fā)票聯到主管稅務機關認證，專用發(fā)票發(fā)票聯復印件留存?zhèn)洳�。一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的發(fā)票聯，可將專用發(fā)票抵扣聯作為記賬憑證，專用發(fā)票抵扣聯復印件留存?zhèn)洳椤?
如果增值稅專用發(fā)票的開具已經超過180天，購買方可以憑銷售方提供的相應專用發(fā)票記賬聯復印件到主管稅務機關進行認證，但不能抵扣進項稅額。如果銷售方先開具發(fā)票，則根據《增值稅暫行條例》第十九條的規(guī)定，增值稅納稅義務發(fā)生時間為開具發(fā)票的當天，銷售方應依法申報繳納相應的增值稅。企業(yè)之間的經濟糾紛超出稅務部門的管理權限，可依法向人民法院提起訴訟。