為避免所得稅對企業(yè)重組的負面影響，保證稅收的中立性，有關企業(yè)重組的所得稅政策區(qū)分了普通重組與特殊重組。同時符合下列條件的企業(yè)重組，認定為特殊重組：
1.具有合理商業(yè)目的，不以減少、免除或者推遲繳納稅款為主要目標；
2.被收購、合并或分立部分資產或股權符合規(guī)定比例，企業(yè)法律或經(jīng)濟結構發(fā)生實質性或重大改變；
3.法律形式被改變、資本結構被調整、被收購、被合并或分立企業(yè)在重組后連續(xù)12個月內，不改變原實質經(jīng)營活動；
4.重組交易對價中涉及的主要是股權支付額，非股權支付額不超過規(guī)定比例，同時取得股權的當事方不得在隨后的12個月內轉讓該股權；
5.重組交易當事方涉及境外（包括港澳臺地區(qū)）納稅人的，除符合前述條件外，還應該確保被重組企業(yè)資產及企業(yè)股權所隱含增值稅收管轄權仍保留在中國境內，并適用不低于重組前稅率。
符合上述條件的特殊重組，當事各方應按以下特殊的稅收規(guī)定進行所得稅處理：
1.除與重組交易的非股權補價或貨幣性補價相對應的資產轉讓所得或損失應在交易當期確認外，交易各方可暫不確認有關資產的轉讓所得或損失。
2.非股權補價或貨幣性補價對應的資產轉讓所得或損失=（被轉讓資產的公允價值－被轉讓資產的計稅基礎）×（非股權補價或貨幣性補價÷被轉讓資產的公允價值）。
【例】以整體資產轉讓為例，A企業(yè)將全部資產轉讓給B公司，B公司向A企業(yè)支付B企業(yè)股權，以及非股權支付額，完成A企業(yè)整體資產轉讓。A全部資產賬面價值8000萬元，A公允價值15000萬元，B向A支付6250萬股本企業(yè)股票（面值1元），賬面價值6250萬元，公允價值14000萬元。另外支付非股權支付額1000萬元（銀行存款200萬元，C債券400萬元，公允價值800萬元）。A將本企業(yè)全部資產轉讓給B。
本例中，股權支付額14000÷支付總額15000＝93%，符合免稅改組條件。
A企業(yè)轉讓整體資產所得＝15000－8000＝7000（萬元）。由于雙方屬于免稅改組，同時，A企業(yè)取得了非股權支付額，應按非股權支付額占改組交易額的比例，確認當期應納稅所得額。
A企業(yè)當期應納稅所得＝7000×（1000÷15000）＝466.67（萬元）。
A企業(yè)換出整體資產和負債后，取得B企業(yè)的股權和部分非股權支付額。由于A企業(yè)采取免稅改組，需將所持有B企業(yè)股權及部分非股權支付額進行成本替換（剔除現(xiàn)金對價200萬元）。
A賬面價值＝8000+466.67＝8466.67（萬元）。
A企業(yè)換出整體資產和負債后，取得B企業(yè)的股權和部分非股權支付額。由于A企業(yè)采取免稅改組，需將所持有B企業(yè)股權及部分非股權支付額按公允價值計算（剔除已是公允價值現(xiàn)金200萬元）。
A賬面價值＝8000+466.67＝8466.67（萬元）；換入B企業(yè)股權成本＝8466.67×（14000÷14800）＝8009.01（萬元）；換入B企業(yè)所持C債券成本＝8466.67×（800÷14800）＝457.65（萬元）。
如果A企業(yè)完全按案例計算的數(shù)據(jù)確認應稅所得以及換入資產的賬面價值，則會計與稅法不存在差異。很多企業(yè)重組往往按評估價值入賬，熱衷于確認重組利潤，做大資產總額，但不愿繳納所得稅，因此出現(xiàn)會計與稅法差異，一方面對當期利潤有影響，需要納稅調整；另一方面資產賬面價值與計稅成本發(fā)生差異，需要在資產存續(xù)期內逐年調整允許稅前扣除的折舊、攤銷額。
第1列“賬載金額”填報會計核算的賬面金額；第2列“稅收金額”填報稅收規(guī)定的收入金額；第3列“調增金額”填報按照稅收規(guī)定應納稅調整增加的金額；第4列“調減金額”填報按照稅收規(guī)定應納稅調整減少的金額。