根據(jù)《財政部、國家稅務總局關(guān)于企業(yè)重組業(yè)務企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財稅〔2009〕59號）規(guī)定，企業(yè)發(fā)生由法人向個人獨資企業(yè)、合伙企業(yè)等非法人組織的轉(zhuǎn)變，或?qū)⒌怯涀缘剞D(zhuǎn)移至中華人民共和國境外（包括港澳臺地區(qū)，下同）而變更注冊登記的情形屬法律形式的改變，應當依法就其涉及的企業(yè)所得稅、個人所得稅、增值稅、消費稅、營業(yè)稅及土地增值稅等進行清算。
企業(yè)法律形式改變的所得稅處理
根據(jù)《企業(yè)重組業(yè)務企業(yè)所得稅管理辦法》（國家稅務總局公告2010年第4號）第十條及《財政部、國家稅務總局關(guān)于企業(yè)清算業(yè)務企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財稅〔2009〕60號）規(guī)定，企業(yè)法律形式改變后應當按以下原則和程序進行清算。
一、將全部資產(chǎn)均按公允價值計算可變現(xiàn)價值，減除資產(chǎn)清算前的計稅基礎(chǔ)，確認資產(chǎn)清算所得或損失。
二、確認債權(quán)、債務，計算債權(quán)、債務清算所得或損失。
三、改變持續(xù)經(jīng)營核算原則，對預提或待攤性質(zhì)費用進行一次處理。
四、依法彌補以前年度發(fā)生的應按規(guī)定在以后年度彌補但彌補期未滿的應彌補未彌補虧損，已超過彌補期未彌補完的虧損不得彌補。
五、確定清算所得，計算并繳納所得稅。
例如：A企業(yè)是增值稅一般納稅人（法人企業(yè)），企業(yè)所得稅稅率為25%，2010年8月初經(jīng)批準改為境內(nèi)合伙企業(yè)。假定8月份未發(fā)生收入和成本費用支出，經(jīng)清算各項資產(chǎn)、負債確認結(jié)果為：房屋、機器設(shè)備、專有技術(shù)、庫存商品、低值易耗品等資產(chǎn)公允價值705萬元，清算前計稅基礎(chǔ)410萬元；確認應提預提費用余額1萬元；一次處理（列支）已發(fā)生的待攤費用20萬元；所有債權(quán)、債務均已結(jié)清；最后確認清算所得為705－410＋1－20＝276（萬元）。則該企業(yè)應繳納清算所得稅為276×25%＝69（萬元）。
企業(yè)法律形式改變的資產(chǎn)分配和個人所得稅的處理
企業(yè)法律形式改變的清算與破產(chǎn)清算不同，法律形式改變后的企業(yè)實體還存在，還將進行正常的生產(chǎn)經(jīng)營，因此，按照財稅〔2009〕59號文件規(guī)定清算只涉及企業(yè)所得稅和股東財產(chǎn)的重新分配，在股東財產(chǎn)分配上也不能完全依照財稅〔2009〕60號文件規(guī)定的方法，按全部可變現(xiàn)資產(chǎn)的公允價值依次減除清算費用、職工工資、社會保險費用和法定補償金、清算所得稅、以前年度欠稅以及債務的模式向所有者分配全部剩余資產(chǎn)。而只能就清算所得支付清算所得稅后的剩余所得進行分配，清算所得大于零時為投資資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓（企業(yè)法律形式的改變從法律上應將其視為前、后兩個企業(yè)，故可視為資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓）所得，清算所得小于零時應按股東持有股份或投資額分配應承擔的資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓損失份額。同時，根據(jù)《企業(yè)所得稅法》第二十六條、《企業(yè)所得稅法實施條例》第八十三條、國家稅務總局公告2010年第4號、財稅〔2009〕60號文件規(guī)定，居民企業(yè)間股權(quán)投資獲得的股息、紅利免征企業(yè)所得稅，但對獲得的資產(chǎn)清算所得，投資者應確認為投資資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得繳納企業(yè)所得稅；根據(jù)《個人所得稅法》及其實施條例要求，對居民個人股東分得的投資資產(chǎn)清算所得還應按照規(guī)定代扣代繳個人所得稅。
例如：假定上述A企業(yè)改變企業(yè)法律性質(zhì)前為有限責任公司，有甲、乙、丙3個股東，其中甲、乙為居民個人股東，丙為企業(yè)法人股東，投資額分別為19萬元、30萬元、51萬元，截至2010年7月31日累計未分配利潤124萬元，則3個股東各自應分得的清算所得如下。分配比例=（276－69＋124）÷（19＋30＋51）×100%＝331%。甲股東應分得的清算所得為19×331%＝62.89（萬元）；乙股東應分得的清算所得為30×331%＝99.3（萬元）；丙股東應分得的清算所得為51×331%＝168.81（萬元）。其各自應分得的累計未分配利潤為：甲股東：124÷（19＋30＋51）×19＝23.56（萬元）；乙股東：124÷（19＋30＋51）×30＝37.2萬元；丙股東：124÷（19＋30＋51）×51＝63.24（萬元）。即各股東在改變法律形式時合計應分得的股息為：甲股東：62.89＋23.56＝86.45（萬元）；乙股東：99.3＋37.2＝136.5（萬元）；丙股東：168.81＋63.24＝232.05（萬元）。
企業(yè)法律形式的改變雖然沒有在市場上發(fā)生實質(zhì)性的資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓，但改變后已經(jīng)注冊為一個新企業(yè)，在法律界定上相當于把一個企業(yè)的資產(chǎn)變賣給了另一個企業(yè)，因此，根據(jù)《個人所得稅法》第二條、并參照《國家稅務總局關(guān)于股權(quán)轉(zhuǎn)讓收入征收個人所得稅問題的批復》（國稅函〔2007〕244號）、《財政部、國家稅務總局關(guān)于個人股票期權(quán)所得征收個人所得稅問題的通知》（財稅〔2005〕35號）等有關(guān)規(guī)定，對于甲、乙兩居民個人股東獲得的投資清算所得應分別按資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得和股息、紅利所得代扣個人所得稅。其中，對甲股東應代扣的資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得個人所得稅是62.89×20%＝12.578（萬元）；對乙股東應代扣的資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得個人所得稅為99.3×20%＝19.86（萬元）；對丙企業(yè)法人投資者股東分得的168.81萬元清算所得減除63.24萬元免稅的股息所得后應視為投資所得（收益）并入當期所得額征收企業(yè)所得稅。如果法人股投資人為非居民企業(yè)，則應依照《企業(yè)所得稅法》及相關(guān)規(guī)定對其獲得的全部清算所得代扣代繳非居民企業(yè)所得稅。
法律形式改變后新企業(yè)股東投資的入賬價格確定
企業(yè)法律形式改變時投資者雖然沒有真正收回投資收益，但通過被投資企業(yè)的清算，投資者已經(jīng)獲得了投資收益的所有權(quán)，通過重新投入改變后的新企業(yè)，投資者的控股數(shù)額或投資額已經(jīng)發(fā)生變化，并重新取得控股權(quán)，但因投資者的身份不同，控股數(shù)額變化幅度也不盡相同。假設(shè)上述A企業(yè)清算后各位股東又與其他企業(yè)和個人投資興辦了一家新企業(yè)，即原A企業(yè)的各位股東將全部資產(chǎn)均投入到了新企業(yè)。則原A企業(yè)各位股東對新企業(yè)的可控投資額變化如下：甲股東的新股投資額為19＋62.89－15.2＝66.69（萬元）；乙股東的新股投資額為30＋99.3－24＝105.3（萬元）；丙企業(yè)股東的新股投資額為51＋168.81＝219.81（萬元）。
作為企業(yè)股的丙股東對收回超過原投資額的部分（本例為219.81－51＝168.81萬元）應同時增加該項長期投資的計稅基礎(chǔ)，即在會計上作增加“長期股權(quán)投資”和“投資收益”處理。
企業(yè)將登記注冊地轉(zhuǎn)移至境外時可能出現(xiàn)的涉稅問題
企業(yè)在將登記注冊地轉(zhuǎn)移至境外時，因不動產(chǎn)不能移動，可能涉及就地變賣或出售問題，所生產(chǎn)和購買的貨物既可以轉(zhuǎn)移境外，也可能存在就地出售的問題，但無論是就地變賣、出售還是轉(zhuǎn)移境外，均應按以下原則處理。
一、出售不動產(chǎn)房屋需要按規(guī)定繳納營業(yè)稅和土地增值稅。
二、對于轉(zhuǎn)移境外的貨物應按出口對待，應按規(guī)定辦理出口退稅；對于就地出售的貨物還應按規(guī)定繳納增值稅，屬于應征消費稅的自產(chǎn)貨物，還應依法繳納消費稅。
三、在清算前出售時，應將出售所得和繳納的稅金記入清算所得，在清算后出售時，記入新企業(yè)的當期損益。
除以上情形外，企業(yè)發(fā)生其他法律形式簡單改變的，可直接變更稅務登記，除另有規(guī)定外，有關(guān)企業(yè)所得稅納稅事項（包括虧損結(jié)轉(zhuǎn)、稅收優(yōu)惠等權(quán)益和義務）由變更后企業(yè)承繼，但因住所發(fā)生變化而不符合稅收優(yōu)惠條件的也必須按照上述方法進行清算。