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企業(yè)所得稅匯算清繳是指納稅人在一定時期內所得稅應納稅額與已預繳稅款的差額進行結算，補繳或退還差額的一種稅務處理方式。企業(yè)所得稅匯算清繳的稅款計算方法如下：
1. 應納稅所得額的計算方法：應納稅所得額=應納稅收入總額-減除費用-扣除項目-準予扣除的捐贈額等。
2. 應納稅額的計算方法：應納稅額=應納稅所得額×適用稅率-速算扣除數。
3. 已預繳稅款的計算方法：已預繳稅款=本年度已預繳企業(yè)所得稅-本年度已繳納的企業(yè)所得稅稅款-本年度已繳納的企業(yè)所得稅滯納金。
4. 應補繳稅款的計算方法：應補繳稅款=應納稅額-已預繳稅款。
5. 應退還稅款的計算方法：應退還稅款=已預繳稅款-應納稅額。

需要注意的是，企業(yè)所得稅匯算清繳的具體計算方法還需要根據稅務部門的規(guī)定和要求進行具體操作。