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公司承擔員工個稅的處理方式如下：
1. 計算公司應承擔的個稅金額：公司應承擔的個稅金額等于員工應納稅所得額乘以適用稅率減去速算扣除數(shù)。
2. 記錄公司承擔的個稅支出：公司應將承擔的個稅支出計入當期的費用或成本中，具體會計科目可根據(jù)公司的會計制度和會計政策確定。
3. 在員工工資單中體現(xiàn)：公司應在員工的工資單中體現(xiàn)公司承擔的個稅金額，并在個稅申報時將該金額納入公司的個稅申報表中。

需要注意的是，個稅是員工個人的稅務責任，公司承擔個稅屬于企業(yè)對員工的福利補貼，應在稅前計算，不應影響員工的個稅申報和繳納。同時，公司應按照稅法規(guī)定，依法申報納稅。