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小規(guī)模納稅人在會計實務中應交稅費確實有三級科目。

首先，小規(guī)模納稅人需要交納增值稅，這是應交稅費的第一級科目，通常記在“應交稅費-增值稅”科目中。

其次，小規(guī)模納稅人還需繳納城市維護建設稅和教育費附加，這是應交稅費的第二級科目，通常記在“應交稅費-其他稅費”科目中。

最后，小規(guī)模納稅人還需繳納所得稅，這是應交稅費的第三級科目，通常記在“應交稅費-所得稅”科目中。

需要注意的是，不同的企業(yè)會計核算方法和會計政策可能會有所不同，因此具體的會計科目設置也會有所差異。