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《國家稅務總局關于個人終止投資經營收回款項征收個人所得稅問題的公告》（國家稅務總局公告2011年41號公告）第一條規(guī)定，個人因各種原因終止投資、聯營、經營合作等行為，從被投資企業(yè)或合作項目、被投資企業(yè)的其他投資者以及合作項目的經營合作人取得股權轉讓收入、違約金、補償金、賠償金及以其他名目收回的款項等，均屬于個人所得稅應稅收入，應按照“財產轉讓所得”項目適用的規(guī)定計算繳納個人所得稅。應納稅所得額的計算公式如下：應納稅所得額=個人取得的股權轉讓收入、違約金、補償金、賠償金及以其他名目收回款項合計數-原實際出資額（投入額）及相關稅費 因此，你公司向個人支付的違約金應按照“財產轉讓所得”項目計算扣繳其個人所得稅。