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《高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理辦法》、《高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作指引》和《企業(yè)研究開發(fā)費(fèi)用稅前扣除管理辦法(試行)》分別對高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定和研發(fā)費(fèi)加計扣除中研發(fā)費(fèi)的歸集內(nèi)容和要求進(jìn)行了規(guī)定，兩者雖同為研究開發(fā)費(fèi)用，但由于適用政策的不同，還存在著以下差異： 歸集用途不同 在高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定時，歸集研發(fā)費(fèi)的目的在于計算研發(fā)費(fèi)占銷售收入的比例是否符合規(guī)定，這是申請時的一項必備條件;而加計扣除政策中，歸集研發(fā)費(fèi)是為了按其發(fā)生額的50%，在計算應(yīng)納稅所得稅時加計扣除。 歸集要求不同 高新技術(shù)企業(yè)的研發(fā)費(fèi)需在認(rèn)定或匯繳備案時報送《企業(yè)年度研究開發(fā)費(fèi)用結(jié)構(gòu)歸集表》等相關(guān)資料;而加計扣除的研發(fā)費(fèi)在享受加計扣除優(yōu)惠時需履行備案手續(xù)，填報《可加計扣除研究開發(fā)費(fèi)用情況歸集表》等相關(guān)資料。 歸集口徑不同 兩者雖為同一研發(fā)過程中發(fā)生的費(fèi)用，但八大項費(fèi)用的具體歸集口徑不同。總體來說，高新認(rèn)定研發(fā)費(fèi)的口徑大于加計扣除中研發(fā)費(fèi)的口徑，兩者之間的差異主要體現(xiàn)在： (一)人員人工。加計扣除中人員人工只包括研發(fā)人員的工資、薪金、獎金、津貼、補(bǔ)貼，而高新認(rèn)定除上述內(nèi)容外，還將企業(yè)繳納的研發(fā)人員基本社會保險費(fèi)用、公積金補(bǔ)助費(fèi)、外聘研發(fā)人員的勞務(wù)費(fèi)用等與其任職或者受雇有關(guān)的其他支出也列入研發(fā)費(fèi)中。 (二)直接投入。加計扣除中的直接投入包括材料、燃料、動力費(fèi)用以及專門用于中間試驗(yàn)和產(chǎn)品試制的模具、工藝裝備開發(fā)制造費(fèi)。而高新認(rèn)定中除上述內(nèi)容外，還包括試制產(chǎn)品的檢驗(yàn)費(fèi)、用于研究開發(fā)活動的儀器設(shè)備的簡單維護(hù)費(fèi)等。 (三)折舊費(fèi)用和長期待攤費(fèi)用。加計扣除中該項只包括專門用于研發(fā)活動的儀器、設(shè)備的折舊費(fèi)或租賃費(fèi)。而高新認(rèn)定中還包括研發(fā)在用建筑物的折舊以及研發(fā)改建、修理中的長期待攤費(fèi)用。 (四)委托外部研究開發(fā)費(fèi)用。高新認(rèn)定規(guī)定的研發(fā)費(fèi)第七項為“委托外部研究開發(fā)費(fèi)用”，而加計扣除的規(guī)定中則沒有這一項。兩者對委托外部研究開發(fā)費(fèi)用的處理是不同的，前者要求委托外部研究開發(fā)費(fèi)用發(fā)生額的80%計入研發(fā)費(fèi)用總額。后者要求委托開發(fā)的研發(fā)項目，由委托方按照規(guī)定計入研發(fā)費(fèi)用，并無比例的要求，且在歸集時要求受托方提供相應(yīng)的費(fèi)用支出明細(xì)表。 (五)其他費(fèi)用。由于高新認(rèn)定時采取了不完全列舉的方法，而加計扣除則采取正列舉的方法，所以加計扣除政策中未列舉的項目，都不允許計入加計扣除的范圍。而高新認(rèn)定中的研發(fā)費(fèi)還包括為研究開發(fā)活動所發(fā)生的其他費(fèi)用，如辦公費(fèi)、通訊費(fèi)、專利申請維護(hù)費(fèi)、高新科技研發(fā)保險費(fèi)等。