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是的，總公司申報企業(yè)所得稅和申報殘疾人保障金時的人數(shù)都是以總公司的收入為準的。在申報企業(yè)所得稅時，要加上分公司的所有收入，因為總公司負責管理所有分公司，其收入也要作為總公司收入，以統(tǒng)一計算申報企業(yè)稅。而在申報殘疾人保障金時，只需要根據(jù)總公司本身的工資來申報，因為只有總公司自身的員工才享有這項社會保障。所以，在特定情況下，總公司在申報企業(yè)所得稅和申報殘疾人保障金時的人數(shù)是不同的。 在實際操作中，需要根據(jù)不同情況來分析，因為企業(yè)所得稅的費用是由各納稅單位（公司）負擔的，也就是說，每個納稅單位都要按照自己的實際繳稅情況，分別申報企業(yè)所得稅。同時，申報殘疾人保障金時，要統(tǒng)一按照總公司的工資收入來申報，不能由個別的分公司或者其他子單位去申報。 此外，在申報時，企業(yè)還需要合理安排記賬，開展記賬檢查，確保準確無誤，確保按時向稅務機構(gòu)申報財務數(shù)據(jù)，妥善處理企業(yè)的稅務糾紛。最后，還要注意在申報時要遵守本地稅收政策，積極應對各種更新政策，把握最新稅收變化，以保證企業(yè)稅收按時準確繳納。