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是的，公司新建廠房（用于自己生產）的材料進項稅可以抵扣。根據《2017年國家稅務總局稅務類減免政策的通知》，企業(yè)新增投資建設固定資產，可以減免購置固定資產所支付的增值稅，也可以減免進口貨物的進口關稅。此外，在新增投資建設設備投運以前，企業(yè)還可以減免設備自行制造、購買或租賃的相應增值稅及其進口關稅。 同時，進項稅也可以轉出。企業(yè)新增投資建設固定資產，可以轉出購買固定資產所支付的增值稅，也可以轉出進口貨物的進口關稅。此外，在新增投資建設設備投運以前，企業(yè)還可以轉出設備自行制造、購買或租賃所支付的相應增值稅及其進口關稅。 一般情況下，進項稅抵扣優(yōu)先于稅收轉出。若企業(yè)當期增值稅已繳納，且無其他可抵扣外，增值稅可轉出，當期抵扣無法完成時，可以考慮稅收轉出。 總之，公司新建廠房（用于自己生產）的材料進項稅可以抵扣也可以轉出，具體情況需根據實際情況來決定。