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是的，獨立核算的分公司和總公司都是關聯(lián)企業(yè)，需要填報年度所得稅匯算。根據(jù)《企業(yè)所得稅法》第31條的規(guī)定，不同的關聯(lián)企業(yè)應當分別適用獨立核算制度，并且在全年內(nèi)通過財務報表，對母公司和子公司進行年度匯算。這樣，在核算完全年應納稅所得額等基本數(shù)據(jù)后，就可以進行稅費匯算了。拓展知識：企業(yè)所得稅匯算是指在關聯(lián)企業(yè)之間，根據(jù)“分別核算原則”，將企業(yè)所得稅由母公司為子公司代扣代繳，由子公司向母公司進行企業(yè)所得稅結(jié)轉(zhuǎn)抵減的清算制度。