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在匯算清繳中，研發(fā)費用加計扣除應是參考減除特殊收入成本后的數據。根據《企業(yè)所得稅匯算清繳暫行條例》第十五條第四款和第五款的規(guī)定，征管機關應當核定企業(yè)研發(fā)費用的數額，并根據其研發(fā)費用的實際經營情況參照國家規(guī)定的準則確定加計扣除數額。由此可見，企業(yè)研發(fā)費用加計扣除應以減除特殊收入成本后的研發(fā)費用為參照。減除特殊收入成本，可以保證研發(fā)費用真實、合理，從而使企業(yè)受益于研發(fā)活動。 此外，企業(yè)在匯算清繳的過程中，還應按照相關規(guī)定，對專審中和年審專審中的研發(fā)費用進行統(tǒng)計比較，以確保研發(fā)費用的開支是否符合國家規(guī)定。企業(yè)可以根據比較結果，采取有效的措施，加大研發(fā)費用的投入，保障企業(yè)發(fā)展，提高經濟效益。