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根據(jù)《中華人民共和國個人所得稅法》規(guī)定，自然人代開50萬元發(fā)票，應(yīng)當繳納5000元稅款作為個人所得稅。 首先，根據(jù)《個人所得稅法》規(guī)定，所得稅是指超出起征點（起征點為5000元）的所得額所得的稅款，起征點以上的所得額應(yīng)繳納個人所得稅，稅率分為五檔：3%、10%、20%、25%、30%，累進計算。 其次，根據(jù)《個人所得稅法》規(guī)定，自然人代開發(fā)票的情況，所得50萬元的個人所得稅為5000元，其計算公式如下：50萬元減去起征點5000元，為45萬元；45萬元乘以3%，為13500元，即個人所得稅為5000元。 最后，由于《中華人民共和國個人所得稅法》對自然人代開發(fā)票的情況有具體上的規(guī)定，所以自然人代開50萬元發(fā)票應(yīng)當繳納5000元的個人所得稅。 拓展知識： 除了自然人代開發(fā)票，法人和其他組織代開發(fā)票也要繳納個人所得稅，根據(jù)《個人所得稅法》規(guī)定，繳納的稅款=應(yīng)納稅所得額×適用稅率-速算扣除數(shù)。