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如果分公司和總公司在同一個市，所開的專用發(fā)票可以由總公司抵扣。這是因為根據(jù)《中華人民共和國發(fā)票管理條例》，企業(yè)從事營業(yè)活動的單位，可以在銷售貨物或者提供服務的銷貨單位的發(fā)票上開具發(fā)票，且當發(fā)票作為購買貨物、支付服務費等抵扣稅費的憑證時，用戶可以根據(jù)實際情況，由總公司或者分公司發(fā)票作為抵扣稅費的憑證。所以，在分公司和總公司在同一個市，總公司也可以使用分公司開具的專用發(fā)票進行抵扣稅費。