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根據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》第五十條第二款規(guī)定，居民企業(yè)在中國境內(nèi)設(shè)立不具有法人資格的營業(yè)機構(gòu)的，應(yīng)當匯總計算并繳納企業(yè)所得稅。同時，國家稅務(wù)總局發(fā)布的《跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法》中明確提到，居民企業(yè)在中國境內(nèi)跨地區(qū)（指跨省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市）設(shè)立不具有法人資格分支機構(gòu)的，為跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)，其企業(yè)所得稅征收管理適用該辦法。 雖然你公司在同市的另一個縣區(qū)設(shè)立的分公司，并未涉及到跨省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市的情況，但考慮到所得稅由總公司匯總申報的實際情況，以及匯總納稅制度的設(shè)計初衷是為了方便稅務(wù)管理和確保稅收的公平性和一致性，因此，在申報時選擇“跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)總機構(gòu)”可能更為合適。