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種子公司銷售種子是否免征企業(yè)所得稅，需要根據(jù)具體情況而定。 根據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法實施條例》第八十六條及《國家稅務總局關于實施農、林、牧、漁業(yè)項目企業(yè)所得稅優(yōu)惠問題的公告》（國家稅務總局公告2011年第48號）規(guī)定，企業(yè)從事農、林、牧、漁業(yè)項目的所得，可以免征、減征企業(yè)所得稅。免征企業(yè)所得稅的項目包括：蔬菜、谷物、薯類、油料、豆類、棉花、麻類、糖料、水果、堅果的種植；農作物新品種的選育；中藥材的種植；林木的培育和種植；牲畜、家禽的飼養(yǎng)；林產品的采集；灌溉、農產品初加工、獸醫(yī)、農技推廣、農機作業(yè)和維修等農、林、牧、漁服務業(yè)項目；遠洋捕撈。 其中，企業(yè)從事農作物新品種選育的免稅所得，是指企業(yè)對農作物進行品種和育種材料選育形成的成果，以及由這些成果形成的種子（苗）等繁殖材料的生產、初加工、銷售一體化取得的所得。 另外，如果種子公司是直接購買種子進行銷售的貿易活動，不能享受減免企業(yè)所得稅的優(yōu)惠政策。只有符合上述規(guī)定的特定情況，種子公司銷售種子才可免征企業(yè)所得稅。 同時，種子公司銷售種子通常是免征增值稅的。具體政策依據(jù)為《財政部 國家稅務總局關于農業(yè)生產資料征免增值稅政策的通知》（財稅〔2001〕113號）第一條：批發(fā)、零售的種子、種苗、農藥、農機，免征增值稅。