對查補的增值稅的賬務處理，可參照《國家稅務總局關于增值稅一般納稅人發(fā)生偷稅行為如何確定偷稅數(shù)額和補稅罰款的通知》（國稅發(fā)[1998]66號）及《增值稅日�；�查辦法》（國稅發(fā)[1998]44號）的有關規(guī)定進行處理�！秶�家稅務總局關于增值稅一般納稅人發(fā)生偷稅行為如何確定偷稅數(shù)額和補稅罰款的通知》（國稅發(fā)[1998]66號）第二條規(guī)定：“關于稅款的補征：偷稅款的補征入庫，應當視納稅人不同情況處理，即：根據(jù)檢查核實后一般納稅人當期全部的銷項稅額與進項稅額（包括當期留抵稅額），重新計算當期全部應納稅額，若應納稅額為正數(shù)，應當作補稅處理，若應納稅額為負數(shù)，應當核減期末留抵稅額�！薄对鲋刀惾粘；�查辦法》（國稅發(fā)[1998]44號）規(guī)定：“增值稅檢查調(diào)帳方法：增值稅檢查后的帳務調(diào)整，應設立‘應交稅金-增值稅檢查調(diào)整’專門帳戶。凡檢查后應調(diào)減帳面進項稅額或調(diào)增銷項稅額和進項稅額轉(zhuǎn)出的數(shù)額，借記有關科目，貸記應交稅金-增值稅檢查調(diào)整；凡檢查后應調(diào)增帳面進項稅額或調(diào)減銷項稅額和進項稅額轉(zhuǎn)出的數(shù)額，借記應交稅金-增值稅檢查調(diào)整，貸記有關科目；全部調(diào)帳事項入帳后，應結出本帳戶的余額，并對該余額進行處理：

　　1.若余額在借方，全部視同留抵進項稅額，按貸方余額數(shù)，借記‘應交稅金-應交增值稅（進項稅額）’科目，貸記本科目。

　　2.若余額在貸方，且‘應交稅金-應交增值稅’帳戶無余額，按貸方余額數(shù)，借記本科目，貸記‘應交稅金-未交增值稅’科目。

　　3.若本帳戶余額在貸方，‘應交稅金-應交增值稅’帳戶有借方余額且等于或大于這個貸方余額，按貸方余額數(shù)，借記本科目，貸記‘應交稅金-應交增值稅’科目。

　　4.若本帳戶余額在貸方，‘應交稅金-應交增值稅’帳戶有借方余額但小于這個貸方余額，應將這兩個帳戶的余額沖出，其差額貸記‘應交稅金-未交增值稅’科目。上述帳務調(diào)整應按納稅期逐期進行。