補充養(yǎng)老保險、醫(yī)療保險是政府以政策指導和政策優(yōu)惠為導向，由用工單位和員工共同出資，以資金積累和運作增值為主要特征，以提高出資單位員工養(yǎng)老待遇為主要特點的社會保險。繳納補充養(yǎng)老保險、醫(yī)療保險涉及企業(yè)所得稅和個人所得稅問題。
企業(yè)所得稅處理
《中華人民共和國企業(yè)所得稅法實施條例》中規(guī)定，企業(yè)為投資者或者職工支付的補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費，在國務院財政、稅務主管部門規(guī)定的范圍和標準內(nèi)，準予扣除�！�關于補充養(yǎng)老保險費補充醫(yī)療保險費有關企業(yè)所得稅政策問題的通知》（財稅[2009]27號）規(guī)定：“自2008年1月1日起，企業(yè)根據(jù)國家有關政策規(guī)定，為在本企業(yè)任職或者受雇的全體員工支付的補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費，分別在不超過職工工資總額5%標準內(nèi)的部分，在計算應納稅所得額時準予扣除；超過的部分，不予扣除。”例如，振興股份公司2009年為職工實際支付的工資、薪金總額為500萬元，均系合理的工資、薪金支出。該企業(yè)2009年按工資、薪金支出總額的7%為職工支付補充養(yǎng)老保險費、按3%支付補充醫(yī)療保險費，即支付補充養(yǎng)老保險費35萬元，支付補充醫(yī)療保險費15萬元。
按財稅[2009]27號文件規(guī)定，該公司在計算應納稅所得額時允許稅前扣除的補充養(yǎng)老保險費和補充醫(yī)療保險費限額均為25萬元（500萬元×5%）。補充養(yǎng)老保險超標10萬元（35萬元－25萬元），補充醫(yī)療保險不超標，可以扣除15萬元。因此，該公司2009年應調(diào)增應納稅所得額10萬元（35萬元－25萬元）。但需注意兩項分別在限額內(nèi)扣除，不可合計使用。
個人所得稅處理
依據(jù)《中華人民共和國個人所得稅法》及財稅字[1997]144號文件規(guī)定：“企業(yè)和個人按照國家或地方政府規(guī)定的比例提取并向指定金融機構實際繳付的住房公積金、醫(yī)療保險金、基本養(yǎng)老保險金不計入個人當月的工資、薪金收入，免征個人所得稅。超過國家或地方政府規(guī)定的比例繳付的住房公積金、醫(yī)療保險金、基本養(yǎng)老金，應將其超過部分計入個人當月的工資、薪金收入，計征個人所得稅。”國稅函[1999]615號批復中也明確：“對職工取得的補充養(yǎng)老保險金應全部計入發(fā)放當月個人的工資、薪金收入，合并計征個人所得稅。”即根據(jù)現(xiàn)行規(guī)定，基本養(yǎng)老保險、醫(yī)療保險可在稅前扣除，但是單位為職工繳納的補充養(yǎng)老保險和補充醫(yī)療保險必須在稅后扣除。
【例】北京市某企業(yè)職工劉某于2009年8月取得工資5000元，該企業(yè)還為劉某繳付超過規(guī)定比例的醫(yī)療保險金、基本養(yǎng)老保險金3000元，則劉某2009年8月份應當繳納的個人所得稅（工資、薪金）計算如下：（5000＋3000－2000）×20%－375=825（元）。