1.合并繳納
《國家稅務(wù)總局所得稅管理司關(guān)于合并繳納企業(yè)所得稅政策執(zhí)行問題的函》（所便函〔2008〕27號）明確說明，《企業(yè)所得稅法》第52條規(guī)定：“除國務(wù)院另有規(guī)定外，企業(yè)之間不得合并繳納企業(yè)所得稅”。在國務(wù)院對企業(yè)合并繳納企業(yè)所得稅政策尚未做出規(guī)定前，原經(jīng)國家稅務(wù)局批準(zhǔn)實行合并繳納企業(yè)所得稅的企業(yè)，暫按原規(guī)定繼續(xù)執(zhí)行。
《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于試點企業(yè)集團(tuán)繳納企業(yè)所得稅有關(guān)問題的通知》（財稅〔2008〕119號）規(guī)定，為確�！镀髽I(yè)所得稅法》的平穩(wěn)實施，根據(jù)新稅法第五十二條規(guī)定，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，對2007年12月31日前經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)或按國務(wù)院規(guī)定條件批準(zhǔn)實行合并繳納企業(yè)所得稅的企業(yè)集團(tuán)（具體名單見附件），在2008年度繼續(xù)按原規(guī)定執(zhí)行。從2009年1月1日起，上述企業(yè)集團(tuán)一律停止執(zhí)行合并繳納企業(yè)所得稅政策。
根據(jù)上述規(guī)定，目前，可以實行集團(tuán)內(nèi)合并繳納企業(yè)所得稅的企業(yè)僅限于上述名單范圍內(nèi)的企業(yè)，其他企業(yè)一律不得自行合并繳納企業(yè)所得稅。在該名單上有包括中國五礦集團(tuán)、中糧集團(tuán)、中化集團(tuán)等106家集團(tuán)企業(yè)。
2.匯總繳納
《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發(fā)〔2008〕28號）第二條規(guī)定，居民企業(yè)在中國境內(nèi)跨地區(qū)（指跨省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市，下同）設(shè)立不具有法人資格的營業(yè)機(jī)構(gòu)、場所（以下稱分支機(jī)構(gòu)）的，該居民企業(yè)為匯總納稅企業(yè)（以下稱企業(yè)），除另有規(guī)定外，適用本辦法。
因而，對于實行匯總繳納方式的企業(yè)是指在同一法人主體下，在境內(nèi)跨地區(qū)設(shè)立了不具有法人資格的機(jī)構(gòu)或者場所的情況下，需要按照國稅發(fā)〔2008〕28號文件相關(guān)規(guī)定進(jìn)行匯總繳納。
第三條規(guī)定，企業(yè)實行“統(tǒng)一計算、分級管理、就地預(yù)繳、匯總清算、財政調(diào)庫”的企業(yè)所得稅征收管理辦法。
第四條規(guī)定，統(tǒng)一計算，是指企業(yè)總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一計算包括企業(yè)所屬各個不具有法人資格的營業(yè)機(jī)構(gòu)、場所在內(nèi)的全部應(yīng)納稅所得額、應(yīng)納稅額。
第六條規(guī)定，就地預(yù)繳，是指總機(jī)構(gòu)、分支機(jī)構(gòu)應(yīng)按本辦法的規(guī)定，分月或分季分別向所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報預(yù)繳企業(yè)所得稅。
第七條規(guī)定，匯總清算，是指在年度終了后，總機(jī)構(gòu)負(fù)責(zé)進(jìn)行企業(yè)所得稅的年度匯算清繳，統(tǒng)一計算企業(yè)的年度應(yīng)納所得稅額，抵減總機(jī)構(gòu)、分支機(jī)構(gòu)當(dāng)年已就地分期預(yù)繳的企業(yè)所得稅款后，多退少補(bǔ)稅款。
因而，對于總分機(jī)構(gòu)的匯總繳納是按同一法人主體進(jìn)行統(tǒng)一計算企業(yè)所得稅，只是在季度時分支機(jī)構(gòu)需要按照國稅發(fā)〔2008〕28號文件中相關(guān)規(guī)定在所在地進(jìn)行預(yù)繳企業(yè)所得稅，但這部分預(yù)繳的企業(yè)所得稅可以在年終與總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一匯算時抵減總機(jī)構(gòu)應(yīng)繳企業(yè)所得稅。
根據(jù)以上規(guī)定，簡單理解就是匯總繳納適用于總、分企業(yè)之間納稅；合并繳納適用于母子公司之間納稅。只要是總、分支企業(yè)關(guān)系，可直接按《跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法》規(guī)定，實行"統(tǒng)一計算、分級管理、就地預(yù)繳、匯總清算、財政調(diào)庫"的企業(yè)所得稅征收管理辦法計算繳納稅款。而母子公司之間實現(xiàn)合并納稅，必須經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，執(zhí)行“統(tǒng)一計算、分級管理、就地預(yù)交、集中清算”的匯總納稅辦法計算繳納稅款。
目前總機(jī)構(gòu)在年終匯算清繳企業(yè)所得稅時，其利潤總額并不是單個分支機(jī)構(gòu)利潤總額簡單相加，而是總、分企業(yè)會計報告的并表。也可以理解扣減掉內(nèi)部抵消利潤后確定。就是將整個企業(yè)視為一個企業(yè)核算。