“應交增值稅”科目是最復雜的一個應交稅費科目，具體說明如下：
“應交增值稅”分為“進項稅額”、“銷項稅額”、“出口退稅”、“進項稅額轉(zhuǎn)出”、“已交稅費”等設置專欄進行明細核算。
本科目期末貸方余額，反映企業(yè)尚未繳納的稅費；期末如為借方余額，反映企業(yè)多繳或尚未抵扣的稅金。
為了更清楚地分別核算增值稅應繳、已繳和未繳的情況，在該科目下，應設置下列明細科目：
（一）“應交增值稅”明細科目
在現(xiàn)行稅制下，“應交增值稅”明細科目的借、貸方增加了很多經(jīng)濟內(nèi)容，借方既要反映進項稅額。又要反映預繳的稅金；貸方既要反映銷項稅額，又要反映出口退稅、進項稅額轉(zhuǎn)出等情況。“應交增值稅”明細科目增加核算內(nèi)容后，如果仍沿用三欄式賬戶，很難完整反映企業(yè)增值稅的抵扣、繳納、退稅等情況。因此，在賬戶設置上采用了多欄式賬戶的方式，在“應交稅費－－應交增值稅”賬戶中的借方和貸方各設了若干個三級科目加以反映。
1．“進項稅額”，記錄企業(yè)購入貨物或接受應稅勞務而支付的、準予從銷項稅額中抵扣的增值稅額。企業(yè)購入貨物或接受應稅勞務支付的進項稅額，用藍字登記；退回所購貨物應沖銷的進項稅額，用紅字登記。
2．“已交稅費”，核算企業(yè)當月繳納本月增值稅額。
3．“減免稅款”，反映企業(yè)按規(guī)定減免的增值稅款。企業(yè)按規(guī)定直接減免的增值稅額借記本科目，貸記“營業(yè)外收入”科目。
4．“出口抵減內(nèi)銷產(chǎn)品應納稅額”，反映出口企業(yè)銷售出口貨物后，向稅務機關辦理免抵退稅申報，按規(guī)定計算的應免抵稅額，借記本科目，貸記“應交稅費－－應交增值稅（出口退稅）”科目。應免抵稅額的計算確定有兩種方法：
第一種是在取得國稅機關《生產(chǎn)企業(yè)出口貨物免抵退稅審批通知單》后進行免抵和退稅的會計處理。即按批準數(shù)進行會計處理。按《生產(chǎn)企業(yè)出口貨物免抵退稅審批通知單》批準的免抵稅額。借記本科目。貸記“應交稅費－－應交增值稅（出口退稅）”科目。
第二種是出口企業(yè)進行退稅申報時，按退稅申報數(shù)進行會計處理。根據(jù)當期《生產(chǎn)企業(yè)出口貨物“免、抵、退”稅匯總申報表》的免抵稅額借記本科目，貸記“應交稅費－－應交增值稅（出口退稅）”科目。
5．“轉(zhuǎn)出未交增值稅”，核算企業(yè)月終轉(zhuǎn)出應繳未繳的增值稅。月末企業(yè)“應交稅費－－應交增值稅”明細賬出現(xiàn)貸方余額時，根據(jù)余額借記本科目，貸記“應交稅費－－未交增值稅”科目。
6．“銷項稅額”，記錄企業(yè)銷售貨物或提供應稅勞務應收取的增值稅額。企業(yè)銷售貨物或提供應稅勞務應收取的銷項稅額，用藍字登記；退回銷售貨物應沖銷的銷項稅額，用紅字登記。現(xiàn)行出口退稅政策規(guī)定，實行先征后返的生產(chǎn)企業(yè)，除來料加工復出口貨物外，出口貨物離岸價視同內(nèi)銷先征稅，出口單證收齊后再以離岸價為依據(jù)按規(guī)定退稅率申報退稅，在出口銷售行為發(fā)生后，按規(guī)定征稅率計算銷項稅額貸記本科目，同時按規(guī)定退稅率計算的出口退稅借記“應收補貼款”科目。按征退稅率之差計算的不得抵扣稅額借記“出口產(chǎn)品銷售成本”科目；實行“免、抵、退”稅的生產(chǎn)企業(yè)。出口貨物銷售收入不計征銷項稅額，對經(jīng)審核確認不予退稅的貨物，應按規(guī)定征稅率計征銷項稅額。
7．“出口退稅”，記錄企業(yè)出口適用零稅率的貨物，向海關辦理報關出口手續(xù)后，憑出口報關單等有關憑證，向稅務機關申報辦理出口退稅而收到退回的稅款。出口貨物退回的增值稅額，用藍字登記；出口貨物辦理退稅后發(fā)生退貨或者退關而補繳已退的稅款，用紅字登記。出口企業(yè)當期按規(guī)定應退稅額，應免抵稅額后，借記“應收賬款－－應收出口退稅款－－增值稅”科目、“應交稅費－－應交增值稅（出口抵減內(nèi)銷產(chǎn)品應納稅）”科目。貸記本科目。
8．“進項稅額轉(zhuǎn)出”，記錄企業(yè)的購進貨物、在產(chǎn)品、產(chǎn)成品等發(fā)生非正常損失以及其他原因而不應從銷項稅額中抵扣，按規(guī)定轉(zhuǎn)出的進項稅額。按稅法規(guī)定。對出口貨物不得抵扣稅額的部分，應在借記“產(chǎn)品銷售成本”科目的同時，貸記本科目。企業(yè)在核算出口貨物免稅收入的同時，對出口貨物免稅收入按征退稅率之差計算出的“不得抵扣稅額”，借記“產(chǎn)品銷售成本”科目，貸記本科目，當月“不得抵扣稅額”累計發(fā)生額應與本月免稅申報的《生產(chǎn)企業(yè)出口貨物免稅明細申報表》中“不得抵扣稅額”合計數(shù)一致。出口企業(yè)收到主管稅務機關出具的《生產(chǎn)企業(yè)進料加工貿(mào)易免稅證明》和《生產(chǎn)企業(yè)進料加工貿(mào)易免稅核銷證明》后，按證明上注明的“不得抵扣稅額抵減額”用紅字貸記本科目，同時以紅字借記“主營業(yè)務成本”科目。生產(chǎn)企業(yè)發(fā)生國外運費、保險、傭金費用支付時，按出口貨物征退稅率之差分攤計算，并沖減“不得抵扣稅額”。用紅字貸記本科目，同時以紅字借記“主營業(yè)務成本”科目。
9．“轉(zhuǎn)出多交增值稅”，核算一般納稅人月終轉(zhuǎn)出多繳的增值稅。月末企業(yè)“應交稅費－－應交增值稅”明細賬出現(xiàn)借方余額時，根據(jù)余額借記“應交稅費－－未交增值稅”科目，貸記本科目。對按批準數(shù)進行會計處理的，本科目月末轉(zhuǎn)出數(shù)為當期期末留抵稅額；對按退稅申報數(shù)進行會計處理的，本科目月末轉(zhuǎn)出數(shù)為計算“免、抵、退”稅公式計算的“結轉(zhuǎn)下期繼續(xù)抵扣的進項稅額”。
上述三級明細科目，前5項在借方登記、后4項在貸方登記。即“銷項稅額”、“出口退稅”、“進項稅額轉(zhuǎn)出”、“轉(zhuǎn)出多交增值稅”四個三級科目在“應交增值稅”明細賬的貸方。
另外，增值稅小規(guī)模納稅人，其銷售收入的核算與一般納稅人相同，也是不含增值稅應稅銷售額，其應納增值稅額，也要通過“應交稅費－－應交增值稅”明細科目核算，只是由于小規(guī)模納稅人不得抵扣進項稅額，不需在“應交稅費－－應交增值稅”科目的借、貸方設置若干三級科目。小規(guī)模納稅人“應交稅費－－應交增值稅”科目的借方發(fā)生額，反映已繳的增值稅額，貸方發(fā)生額反映應繳增值稅額；期末借方余額，反映多繳的增值稅額；期末貸方余額，反映尚未繳納的增值稅額。