國稅函[2007]305號文《關(guān)于企事業(yè)單位公務(wù)用車制度改革后相關(guān)費用稅前扣除問題的批復(fù)》曾明確，企事業(yè)單位公務(wù)用車制度改革后，在規(guī)定標準內(nèi)為員工報銷的油料費、過路費、停車費、洗車費、修理費、保險費等相關(guān)費用，以及以現(xiàn)金或?qū)嵨镄问桨l(fā)放的交通補貼，均屬于企事業(yè)單位的工資薪金支出，應(yīng)一律計入企事業(yè)單位的工資總額，按照現(xiàn)行計稅工資標準進行稅前扣除。
新稅法實施后，國稅函[2007]305號文也自然失效，因此，企便函[2009]33號對企事業(yè)單位公務(wù)用車制度改革后為員工在規(guī)定的標準內(nèi)報銷的燃油費，分兩個階段明確了企業(yè)所得稅適用政策：2008年1月1日（不含）以前，仍按國稅函[2007]305號文規(guī)定處理；2008年1月1日（含）以后，則按國稅函[2009]3號文《國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)工資薪金及職工福利費扣除問題的通知》規(guī)定，為員工報銷的燃油費作為職工交通補貼在職工福利費中扣除。這里我們要注意三個問題：
1、新稅法實施前，內(nèi)資企業(yè)工資的稅前扣除實行計稅工資或工效掛鉤工資標準稅前扣除辦法，而新稅法實施后，企業(yè)發(fā)生的合理工資薪金支出則統(tǒng)一實行據(jù)實扣除辦法，而職工福利費在不超過工資薪金總額14%范圍內(nèi)準予扣除。因此，新稅法實施前，將公務(wù)用車制度改革后發(fā)給個人的交通補貼計入工資，可能會出現(xiàn)納稅調(diào)整，而新稅法實施后如果仍將其作為工資薪金，則一般不會存在納稅調(diào)整。企便函[2009]33號文要求2008年1月1日（含）以后為員工報銷的燃油費作為職工福利費處理，則仍可能出現(xiàn)納稅調(diào)整，因此這一改變顯然對企業(yè)是不利的；
2、國稅函[2007]305號文規(guī)定企事業(yè)單位公務(wù)用車制度改革后，為員工在規(guī)定的標準內(nèi)報銷的油料費、過路費、停車費、洗車費、修理費、保險費等相關(guān)費用均作為工資薪金處理，國稅函[2009]3號文則只籠統(tǒng)地規(guī)定為職工發(fā)放的交通補貼作為職工福利費處理，而并未明確“交通補貼”的具體內(nèi)容。企便函[2009]33號文只明確企事業(yè)單位公務(wù)用車制度改革后為員工在規(guī)定的標準內(nèi)報銷的燃油費在新稅法實施后作為職工福利費處理，那么為職工報銷的過路費、停車費、洗車費、修理費、保險費等相關(guān)費用在稅前如何處理呢？文件并未明確；
3、企便函[2009]33號文明確企事業(yè)單位公務(wù)用車制度改革后為員工在規(guī)定的標準內(nèi)報銷的燃油費在新稅法實施后作為職工福利費處理，但在個人所得稅的處理上，根據(jù)國稅函[2006]245號《關(guān)于個人因公務(wù)用車制度改革取得補貼收入征收個人所得稅問題的通知》，仍應(yīng)按照“工資、薪金所得”項目計征個人所得稅。具體計征方法，企便函[2009]33號文明確應(yīng)按國稅發(fā)[1999]058號文《關(guān)于個人所得稅有關(guān)政策問題的通知》相關(guān)規(guī)定執(zhí)行，即個人因公務(wù)用車和通訊制度改革而取得的公務(wù)用車補貼收入，扣除一定標準的公務(wù)費用后，按照“工資、薪金”所得項目計征個人所得稅。關(guān)于公務(wù)費用的扣除標準，企便函[2009]33號文也作了進一步明確，即公務(wù)費用扣除標準由當?shù)卣贫�，如當�(shù)卣粗贫ü珓?wù)費用扣除標準，按交通補貼全額的30%作為個人收入扣繳個人所得稅。