國家稅務總局近日發(fā)布的《關(guān)于土地增值稅清算有關(guān)問題的通知》（國稅函〔2010〕220號）規(guī)定，房地產(chǎn)企業(yè)逾期開發(fā)繳納的土地閑置費不得扣除。房地產(chǎn)企業(yè)進行企業(yè)所得稅和土地增值稅相關(guān)處理時，需要注意兩者的區(qū)別。
《閑置土地處置辦法》（國土資源部令〔1999〕第5號）第二條規(guī)定，閑置土地是指土地使用者依法取得土地使用權(quán)后，未經(jīng)原批準用地的人民政府同意，超過規(guī)定的期限未動工開發(fā)建設(shè)的建設(shè)用地。
具有下列情形之一的，可以認定為閑置土地：
（一）國有土地有償使用合同或者建設(shè)用地批準書未規(guī)定動工開發(fā)建設(shè)日期，自國有土地有償使用合同生效或者土地行政主管部門建設(shè)用地批準書頒發(fā)之日起滿1年未動工開發(fā)建設(shè)的；
（二）已動工開發(fā)建設(shè)但開發(fā)建設(shè)的面積占應動工開發(fā)建設(shè)總面積不足1/3，或者已投資額占總投資額不足25%，且未經(jīng)批準中止開發(fā)建設(shè)連續(xù)滿1年的；
（三）法律、行政法規(guī)規(guī)定的其他情形。
對于在城市規(guī)劃區(qū)范圍內(nèi)，以出讓等有償使用方式取得土地使用權(quán)進行房地產(chǎn)開發(fā)的閑置土地，超過出讓合同約定的動工開發(fā)日期滿1年未動工開發(fā)的，可以征收相當于土地使用權(quán)出讓金20%以下的土地閑置費；滿2年未動工開發(fā)時，可以無償收回土地使用權(quán)。目前，各地方政府均制定了具體的實施辦法。土地閑置費根據(jù)土地性質(zhì)按照不同類別比例收取，例如某市規(guī)定，逾期不開發(fā)的住宅用地征收土地閑置費為合同地價或者基準地價的8%，逾期不開發(fā)的港口、碼頭、陸路交通運輸站場、工業(yè)、倉儲等工業(yè)用地按原合同地價的20%征收土地閑置費。
收取土地閑置費旨在打消開發(fā)商囤地或捂盤而想獲得額外收益的意圖，從而遏制房價上漲。在地價不斷上漲的今天，動輒每畝上百萬元、上千萬元的地價款，若征收土地閑置費，較高的絕對額勢必直接影響開發(fā)商的稅收利益。
《房地產(chǎn)開發(fā)經(jīng)營業(yè)務企業(yè)所得稅處理辦法》（國稅發(fā)〔2009〕31號）第二十二條規(guī)定，企業(yè)因國家無償收回土地使用權(quán)而形成的損失，可作為財產(chǎn)損失按有關(guān)規(guī)定在稅前扣除。第二十七條規(guī)定，開發(fā)產(chǎn)品計稅成本支出——土地征用費及拆遷補償費指為取得土地開發(fā)使用權(quán)（或開發(fā)權(quán)）而發(fā)生的各項費用，主要包括土地買價或出讓金、大市政配套費、契稅、耕地占用稅、土地使用費、土地閑置費、土地變更用途和超面積補交的地價及相關(guān)稅費、拆遷補償支出、安置及動遷支出、回遷房建造支出、農(nóng)作物補償費、危房補償費等。
按照企業(yè)所得稅相關(guān)規(guī)定，土地閑置費可以計入開發(fā)產(chǎn)品計稅成本，能夠在稅前扣除。因國家無償收回土地使用權(quán)而形成的損失也可作為財產(chǎn)損失在稅前扣除。但是國稅函〔2010〕220號文件明確了房地產(chǎn)企業(yè)逾期開發(fā)繳納的土地閑置費不得在清算土地增值稅時扣除，因此，房地產(chǎn)企業(yè)在土地增值稅清算時，再不能按照企業(yè)所得稅口徑去計算土地成本了。