案例：某房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)于2008年初以支付土地出讓金300萬(wàn)元的代價(jià)取得某小區(qū)商品房開發(fā)項(xiàng)目，由于資金周轉(zhuǎn)等原因，企業(yè)取得土地使用權(quán)后，直到2009年2月份才動(dòng)工建設(shè)，為此，當(dāng)?shù)貒?guó)土部門責(zé)令其繳納土地出讓金20%（即60萬(wàn)元）的土地閑置費(fèi)。今年6月上旬小區(qū)商品房全部銷售完畢。企業(yè)已完成2009年企業(yè)所得稅匯算清繳，目前正按稅務(wù)機(jī)關(guān)要求進(jìn)行土地增值稅清算事宜。企業(yè)在進(jìn)行所得稅匯算清繳時(shí)，土地閑置費(fèi)被允許扣除，但在土地增值稅清算時(shí)，稅務(wù)機(jī)關(guān)卻不允許作為扣除項(xiàng)目。企業(yè)財(cái)務(wù)人員很是不解，這是為什么呢？
這里需要說(shuō)明的是，征收土地閑置費(fèi)，是屬于行政事業(yè)性收費(fèi)行為，并不屬行政處罰行為，無(wú)論是此前的《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于房地產(chǎn)開發(fā)業(yè)務(wù)征收企業(yè)所得稅問(wèn)題的通知》（國(guó)稅發(fā)〔2006〕31號(hào)）還是國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)《房地產(chǎn)開發(fā)經(jīng)營(yíng)業(yè)務(wù)企業(yè)所得稅處理辦法》的通知（國(guó)稅發(fā)〔2009〕31號(hào)）均明確規(guī)定，開發(fā)企業(yè)以出讓方式取得土地使用權(quán)進(jìn)行房地產(chǎn)開發(fā)的，必須按照土地使用權(quán)出讓合同約定的土地用途、動(dòng)工開發(fā)期限開發(fā)土地。因超過(guò)出讓合同約定的動(dòng)工開發(fā)日期而繳納的土地閑置費(fèi)，土地閑置費(fèi)可作為土地征用費(fèi)及拆遷補(bǔ)償費(fèi)項(xiàng)目在開發(fā)產(chǎn)品計(jì)稅成本支出中扣除。因此，土地閑置費(fèi)可以在企業(yè)所得稅前據(jù)實(shí)扣除。
另外，國(guó)稅發(fā)〔2009〕31號(hào)文件第二十二條還明確規(guī)定，企業(yè)因國(guó)家無(wú)償收回土地使用權(quán)而形成的損失，可按照國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)《企業(yè)資產(chǎn)損失稅前扣除管理辦法》的通知（國(guó)稅發(fā)〔2009〕88號(hào)）第三條的規(guī)定，可作為財(cái)產(chǎn)損失，在按稅收規(guī)定實(shí)際確認(rèn)或者實(shí)際發(fā)生的當(dāng)年申報(bào)扣除。
按照《國(guó)務(wù)院關(guān)于堅(jiān)決遏制部分城市房?jī)r(jià)過(guò)快上漲的通知》（國(guó)發(fā)〔2010〕10號(hào)）要求，稅務(wù)部門要嚴(yán)格按照稅法和有關(guān)政策規(guī)定，認(rèn)真做好土地增值稅的征收管理工作，對(duì)定價(jià)過(guò)高、漲幅過(guò)快的房地產(chǎn)開發(fā)項(xiàng)目進(jìn)行重點(diǎn)清算和稽查。基于國(guó)發(fā)〔2010〕10號(hào)文件的規(guī)定性要求，《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅清算有關(guān)問(wèn)題的通知》（國(guó)稅函〔2010〕220號(hào)）作出了房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)逾期開發(fā)繳納的土地閑置費(fèi)不得扣除的原則性規(guī)定。
因此，稅務(wù)機(jī)關(guān)在企業(yè)所得稅匯算清繳和土地增值稅清算中對(duì)于土地閑置費(fèi)的不同處理方式，均有法可依，有據(jù)可查，企業(yè)應(yīng)區(qū)別對(duì)待，區(qū)別處理。