案例：某房地產開發(fā)企業(yè)于2008年初以支付土地出讓金300萬元的代價取得某小區(qū)商品房開發(fā)項目，由于資金周轉等原因，企業(yè)取得土地使用權后，直到2009年2月份才動工建設，為此，當?shù)貒敛块T責令其繳納土地出讓金20%（即60萬元）的土地閑置費。今年6月上旬小區(qū)商品房全部銷售完畢。企業(yè)已完成2009年企業(yè)所得稅匯算清繳，目前正按稅務機關要求進行土地增值稅清算事宜。企業(yè)在進行所得稅匯算清繳時，土地閑置費被允許扣除，但在土地增值稅清算時，稅務機關卻不允許作為扣除項目。企業(yè)財務人員很是不解，這是為什么呢？
這里需要說明的是，征收土地閑置費，是屬于行政事業(yè)性收費行為，并不屬行政處罰行為，無論是此前的《國家稅務總局關于房地產開發(fā)業(yè)務征收企業(yè)所得稅問題的通知》（國稅發(fā)〔2006〕31號）還是國家稅務總局關于印發(fā)《房地產開發(fā)經營業(yè)務企業(yè)所得稅處理辦法》的通知（國稅發(fā)〔2009〕31號）均明確規(guī)定，開發(fā)企業(yè)以出讓方式取得土地使用權進行房地產開發(fā)的，必須按照土地使用權出讓合同約定的土地用途、動工開發(fā)期限開發(fā)土地。因超過出讓合同約定的動工開發(fā)日期而繳納的土地閑置費，土地閑置費可作為土地征用費及拆遷補償費項目在開發(fā)產品計稅成本支出中扣除。因此，土地閑置費可以在企業(yè)所得稅前據(jù)實扣除。
另外，國稅發(fā)〔2009〕31號文件第二十二條還明確規(guī)定，企業(yè)因國家無償收回土地使用權而形成的損失，可按照國家稅務總局關于印發(fā)《企業(yè)資產損失稅前扣除管理辦法》的通知（國稅發(fā)〔2009〕88號）第三條的規(guī)定，可作為財產損失，在按稅收規(guī)定實際確認或者實際發(fā)生的當年申報扣除。
按照《國務院關于堅決遏制部分城市房價過快上漲的通知》（國發(fā)〔2010〕10號）要求，稅務部門要嚴格按照稅法和有關政策規(guī)定，認真做好土地增值稅的征收管理工作，對定價過高、漲幅過快的房地產開發(fā)項目進行重點清算和稽查�；趪l(fā)〔2010〕10號文件的規(guī)定性要求，《國家稅務總局關于土地增值稅清算有關問題的通知》（國稅函〔2010〕220號）作出了房地產開發(fā)企業(yè)逾期開發(fā)繳納的土地閑置費不得扣除的原則性規(guī)定。
因此，稅務機關在企業(yè)所得稅匯算清繳和土地增值稅清算中對于土地閑置費的不同處理方式，均有法可依，有據(jù)可查，企業(yè)應區(qū)別對待，區(qū)別處理。