根據(jù)《國家稅務總局關于取消“單位和個人從事技術轉(zhuǎn)讓、技術開發(fā)業(yè)務免征營業(yè)稅審批”后有關稅收管理問題的通知》（國稅函[2004]825 號）規(guī)定，《財政部、國家稅務總局關于貫徹落實<中共中央、國務院關于加強技術創(chuàng)新，發(fā)展高科技，實現(xiàn)產(chǎn)業(yè)化的決定>有關稅收問題的通知》（財稅字[1999]273 號）第二條第三款有關“單位和個人（不包括外資企業(yè)、外籍個人）從事技術轉(zhuǎn)讓、開發(fā)業(yè)務申請免征營業(yè)稅時，須持技術轉(zhuǎn)讓、開發(fā)的書面合同，到納稅人所在地省級科技主管部門進行認定，再持有關的書面合同和科技主管部門審核意見證明報當?shù)厥〖壷鞴芏悇諜C關審核”予以取消。取消審核手續(xù)后，納稅人的技術轉(zhuǎn)讓、技術開發(fā)的書面合同仍應到省級科技主管部門進行認定，并將認定后的合同及有關證明材料文件報主管地方稅務局備查。主管地方稅務局要不定期地對納稅人申報享受減免稅的技術轉(zhuǎn)讓、技術開發(fā)合同進行檢查，對不符合減免稅條件的單位和個人要取消稅收優(yōu)惠政策，同時追繳其所減免的稅款，并按照《稅收征收管理法》的有關規(guī)定進行處罰。
根據(jù)上述規(guī)定，如果企業(yè)能夠自行開具轉(zhuǎn)讓無形資產(chǎn)發(fā)票，則可以就此部分收入免繳營業(yè)稅，同時企業(yè)需要按上述規(guī)定將相關資料準備備查；如果如問題所述情況需要到當?shù)刂鞴芏悇諜C關代開發(fā)票，則需要將有關資料先向相關部門（通常是分局的政策法制科）進行報備，再由稅務機關代開發(fā)票，如果符合免稅條件，通常是可以直接減免，即只開具發(fā)票不繳納營業(yè)稅，一般不會采取先繳納稅款再退稅的做法。