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自然人獨資有限公司需要繳納的主要稅種包括：
1. 增值稅：自然人獨資有限公司的銷售額超過年度起征點（目前為30萬元），需要繳納增值稅。增值稅稅率一般為3%、5%、6%、9%、11%、13%等。
2. 企業(yè)所得稅：自然人獨資有限公司的年度凈利潤需要繳納企業(yè)所得稅。企業(yè)所得稅稅率為25%。
3. 個人所得稅：自然人獨資有限公司的業(yè)主（自然人）需要繳納個人所得稅。個人所得稅稅率根據(jù)個人所得額的不同而有所不同。
4. 印花稅：自然人獨資有限公司在辦理一些合同、證書等法律文件時需要繳納印花稅。印花稅稅率根據(jù)不同類型的文件和金額而有所不同。
5. 土地增值稅：自然人獨資有限公司在出售土地時需要繳納土地增值稅。土地增值稅稅率為30%。

需要注意的是，以上稅種的具體適用情況和稅率可能會因地區(qū)、行業(yè)等因素而有所不同。建議自然人獨資有限公司在繳納稅款前咨詢當?shù)囟悇諜C關或會計師事務所的專業(yè)人士。