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事業(yè)單位會計制度與企業(yè)會計制度的不同主要體現(xiàn)在以下幾個方面：
1. 會計主體不同：事業(yè)單位是以提供公共服務為目的的非營利組織，而企業(yè)是以盈利為目的的經(jīng)營組織。
2. 會計核算對象不同：事業(yè)單位的核算對象主要是預算項目，而企業(yè)的核算對象是經(jīng)濟業(yè)務。
3. 會計核算方法不同：事業(yè)單位采用預算管理制度，以預算為基礎進行會計核算；而企業(yè)采用成本管理制度，以成本為基礎進行會計核算。
4. 財務報表不同：事業(yè)單位主要報告預算執(zhí)行情況，而企業(yè)主要報告經(jīng)濟業(yè)務的收入、成本、利潤等。
5. 財務監(jiān)管機構(gòu)不同：事業(yè)單位的財務監(jiān)管機構(gòu)是財政部門，而企業(yè)的財務監(jiān)管機構(gòu)是稅務部門。

總之，事業(yè)單位會計制度與企業(yè)會計制度的不同主要在于其性質(zhì)、核算對象、核算方法、財務報表和財務監(jiān)管機構(gòu)等方面。