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企業(yè)根據(jù)經(jīng)營需要可以設(shè)立分公司，對于跨地區(qū)設(shè)立分公司后，總分公司如何計算繳納所得稅，很多企業(yè)不知道如何操作。其實早在2008年、2009年國家稅務(wù)局就先后發(fā)布了多個文件予以規(guī)范，2012年末又根據(jù)之前的文件修訂后發(fā)布了國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)《跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法》的公告（國家稅務(wù)總局公告2012年第57號）。設(shè)立分公司的企業(yè)應(yīng)該了解有關(guān)的規(guī)定，才能夠正確的計算納稅并申報。 　　首先，需要了解總機構(gòu)和具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能的二級分支機構(gòu)，應(yīng)該就地分攤繳納企業(yè)所得稅。但并不是所有的分支機構(gòu)都需要就地繳納，以下二級分支機構(gòu)不就地分攤繳納企業(yè)所得稅： 　　1、不具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能，且在當(dāng)?shù)夭焕U納增值稅、營業(yè)稅的產(chǎn)品售后服務(wù)、內(nèi)部研發(fā)、倉儲等匯總納稅企業(yè)內(nèi)部輔助性的二級分支機構(gòu)，不就地分攤繳納企業(yè)所得稅。 　　2、上年度認定為小型微利企業(yè)的，其二級分支機構(gòu)不就地分攤繳納企業(yè)所得稅。 　　3、新設(shè)立的二級分支機構(gòu)，設(shè)立當(dāng)年不就地分攤繳納企業(yè)所得稅。 　　4、當(dāng)年撤銷的二級分支機構(gòu)，自辦理注銷稅務(wù)登記之日所屬企業(yè)所得稅預(yù)繳期間起，不就地分攤繳納企業(yè)所得稅。 　　5、匯總納稅企業(yè)在中國境外設(shè)立的不具有法人資格的二級分支機構(gòu)，不就地分攤繳納企業(yè)所得稅。 　　其次，總分機構(gòu)所得稅不是根據(jù)各自的賬面利潤計算的，而是由總機構(gòu)統(tǒng)一計算后按照一定的比例分攤，然后再總分機構(gòu)的所在地根據(jù)分攤比例就地繳納。計算涉及到的公式如下： 　　1、總機構(gòu)分攤稅款=匯總納稅企業(yè)當(dāng)期應(yīng)納所得稅額×50％ 　　2、所有分支機構(gòu)分攤稅款總額=匯總納稅企業(yè)當(dāng)期應(yīng)納所得稅額×50％ 　　3、某分支機構(gòu)分攤稅款=所有分支機構(gòu)分攤稅款總額×該分支機構(gòu)分攤比例 　　總機構(gòu)應(yīng)按照上年度分支機構(gòu)的營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額三個因素計算各分支機構(gòu)分攤所得稅款的比例；三級及以下分支機構(gòu)，其營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額統(tǒng)一計入二級分支機構(gòu)；三因素的權(quán)重依次為0.35、0.35、0.30。 　　計算公式如下： 　　某分支機構(gòu)分攤比例=（該分支機構(gòu)營業(yè)收入／各分支機構(gòu)營業(yè)收入之和）×0.35+（該分支機構(gòu)職工薪酬／各分支機構(gòu)職工薪酬之和）×0.35+（該分支機構(gòu)資產(chǎn)總額／各分支機構(gòu)資產(chǎn)總額之和）×0.30 　　其中，分支機構(gòu)營業(yè)收入，是指分支機構(gòu)銷售商品、提供勞務(wù)、讓渡資產(chǎn)使用權(quán)等日常經(jīng)營活動實現(xiàn)的全部收入。其中，生產(chǎn)經(jīng)營企業(yè)分支機構(gòu)營業(yè)收入是指生產(chǎn)經(jīng)營企業(yè)分支機構(gòu)銷售商品、提供勞務(wù)、讓渡資產(chǎn)使用權(quán)等取得的全部收入。金融企業(yè)分支機構(gòu)營業(yè)收入是指金融企業(yè)分支機構(gòu)取得的利息、手續(xù)費、傭金等全部收入。保險企業(yè)分支機構(gòu)營業(yè)收入是指保險企業(yè)分支機構(gòu)取得的保費等全部收入。 　　分支機構(gòu)職工薪酬，是指分支機構(gòu)為獲得職工提供的服務(wù)而給予各種形式的報酬以及其他相關(guān)支出。 　　分支機構(gòu)資產(chǎn)總額，是指分支機構(gòu)在經(jīng)營活動中實際使用的應(yīng)歸屬于該分支機構(gòu)的資產(chǎn)合計額。 　　再次，要了解所得稅如何預(yù)交。匯總納稅企業(yè)應(yīng)根據(jù)當(dāng)期實際利潤額，按照辦法規(guī)定的預(yù)繳分攤方法計算總機構(gòu)和分支機構(gòu)的企業(yè)所得稅預(yù)繳額，分別由總機構(gòu)和分支機構(gòu)就地預(yù)繳；在規(guī)定期限內(nèi)按實際利潤額預(yù)繳有困難的，也可以按照上一年度應(yīng)納稅所得額的1/12或1/4，按照辦法規(guī)定的預(yù)繳分攤方法計算總機構(gòu)和分支機構(gòu)的企業(yè)所得稅預(yù)繳額，分別由總機構(gòu)和分支機構(gòu)就地預(yù)繳。預(yù)繳方法一經(jīng)確定，當(dāng)年度不得變更。 　　總機構(gòu)應(yīng)將本期企業(yè)應(yīng)納所得稅額的50%部分，在每月或季度終了后15日內(nèi)就地申報預(yù)繳?？倷C構(gòu)應(yīng)將本期企業(yè)應(yīng)納所得稅額的另外50%部分，按照各分支機構(gòu)應(yīng)分攤的比例，在各分支機構(gòu)之間進行分攤，并及時通知到各分支機構(gòu)；各分支機構(gòu)應(yīng)在每月或季度終了之日起15日內(nèi)，就其分攤的所得稅額就地申報預(yù)繳。 　　匯總納稅企業(yè)預(yù)繳申報時，總機構(gòu)除報送企業(yè)所得稅預(yù)繳申報表和企業(yè)當(dāng)期財務(wù)報表外，還應(yīng)報送匯總納稅企業(yè)分支機構(gòu)所得稅分配表和各分支機構(gòu)上一年度的年度財務(wù)報表（或年度財務(wù)狀況和營業(yè)收支情況）；分支機構(gòu)除報送企業(yè)所得稅預(yù)繳申報表（只填列部分項目）外，還應(yīng)報送經(jīng)總機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)受理的匯總納稅企業(yè)分支機構(gòu)所得稅分配表。 　　最后，所得稅匯算清繳如何操作。匯總納稅企業(yè)匯算清繳時，由總機構(gòu)匯總計算企業(yè)年度應(yīng)納所得稅額，扣除總機構(gòu)和各分支機構(gòu)已預(yù)繳的稅款，計算出應(yīng)繳應(yīng)退稅款，按照規(guī)定的稅款分攤方法計算總機構(gòu)和分支機構(gòu)的企業(yè)所得稅應(yīng)繳應(yīng)退稅款，分別由總機構(gòu)和分支機構(gòu)就地辦理稅款繳庫或退庫。涉及退稅時，也可經(jīng)總、分機構(gòu)同意后分別抵繳其下一年度應(yīng)繳企業(yè)所得稅稅款。匯總納稅企業(yè)匯算清繳時，總機構(gòu)除報送企業(yè)所得稅年度納稅申報表和年度財務(wù)報表外，還應(yīng)報送匯總納稅企業(yè)分支機構(gòu)所得稅分配表、各分支機構(gòu)的年度財務(wù)報表和各分支機構(gòu)參與企業(yè)年度納稅調(diào)整情況的說明；分支機構(gòu)除報送企業(yè)所得稅年度納稅申報表（只填列部分項目）外，還應(yīng)報送經(jīng)總機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)受理的匯總納稅企業(yè)分支機構(gòu)所得稅分配表、分支機構(gòu)的年度財務(wù)報表（或年度財務(wù)狀況和營業(yè)收支情況）和分支機構(gòu)參與企業(yè)年度納稅調(diào)整情況的說明。 　　從上述規(guī)定可以看出，匯算清繳的主體仍然是總機構(gòu)，分支機構(gòu)并不需要進行年度納稅調(diào)整，自行計算應(yīng)納稅所得額和應(yīng)納稅額，只是根據(jù)總機構(gòu)填報的分配表中應(yīng)繳應(yīng)退的稅款，就地申報補退稅。為了保證匯繳工作的順利進行，也需要分支機構(gòu)填列年度納稅申報表，但只需要填列有限的幾項，與總機構(gòu)的年度納稅申報完全是兩個概念。同時，為便利就地實施稅務(wù)檢查，也需要分支機構(gòu)報送參與企業(yè)年度納稅調(diào)整情況的說明，該說明由總機構(gòu)確認后提交，涉及需由總機構(gòu)統(tǒng)一計算調(diào)整的項目不進行說明。