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根據(jù)中國人民共和國《企業(yè)所得稅法》，個體工商戶開具的發(fā)票，需要繳納應(yīng)納稅額的3%的企業(yè)所得稅。據(jù)此，開一百萬的運輸發(fā)票，需要繳納的企業(yè)所得稅為30萬。 但是，在征稅時會存在一些豁免、減免政策，所以最終實際需要繳納的企業(yè)所得稅可能要比30萬要低。例如，國家有關(guān)部門規(guī)定的小型微利企業(yè)的企業(yè)所得稅稅率是15%，實際上此時則需要繳納15萬的稅款。 此外，還有其他一些所得稅豁免、減免政策，例如所得稅節(jié)余金額，投資周轉(zhuǎn)金等，實際上最終需要繳納的稅款可能更低。 總之，個體工商戶開100萬的運輸發(fā)票，可能需要繳納企業(yè)所得稅，但最終繳納的金額可能會減低，取決于具體的豁免、減免政策。因此，要確定最終需要繳納的稅款，建議向稅務(wù)部門咨詢，獲取最終的稅收解釋。