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如果代理記賬公司沒收到客戶寄來的進項票，但是已經(jīng)認證抵扣了，那么應該先保留客戶發(fā)票的憑證，并建立與客戶的確認書，確認書蓋章之后，就可以正常進行做賬操作，同時在憑證及確認書上標明缺少發(fā)票，確認書上應有客戶確認該發(fā)票已認證抵扣。在做賬操作中，可以通過確認書和記錄來實現(xiàn)該發(fā)票的抵扣，具體操作流程如下： 1. 依據(jù)客戶確認書中記錄的金額和稅率，錄入到代理記賬軟件中； 2. 在客戶憑證中標明缺少發(fā)票； 3. 在錄入的做賬憑證中，加入發(fā)票缺失的文字說明，如“發(fā)票缺失”等； 4. 在應付票據(jù)抵扣憑證中，按客戶確認書記錄的金額及稅率錄入； 5. 在錄入的做賬憑證中，加入發(fā)票缺失的文字說明，如“發(fā)票缺失，根據(jù)客戶確認書確認發(fā)票已認證抵扣”。 拓展知識： 認證抵扣是指企業(yè)可以通過認證的發(fā)票來抵扣繳納的稅款，即購買方憑發(fā)票副本就可以抵扣稅款，縮短企業(yè)的資金周轉速度，提高企業(yè)的效率。認證抵扣系統(tǒng)是政府的一項重要措施，可以大大減輕企業(yè)的負擔。