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這種情況下，為了避免違反稅收相關規(guī)定，應當采取合法合理的辦法處理乙方開出的100萬元增值稅專票。首先，雙方可以討論進行發(fā)票換票，乙方可以把用不上的甲方材料發(fā)票換成我方可利用的材料發(fā)票，雙方可以根據發(fā)票價格和物料價格在乙方多發(fā)票金額中抵償一部分，如果我方所需的材料費用更多，可以討論協商將發(fā)票金額以物料的形式發(fā)放，而不是完全抵償乙方的增值稅專票。同時，還可以發(fā)票換票的方式與乙方聯系，將乙方發(fā)給甲方的價稅合計100萬元的增值稅專票換成符合要求的發(fā)票。綜上所述，要合法合理地處理乙方開出的100萬元增值稅專票，應采取發(fā)票換票的方式，即將乙方發(fā)給甲方的增值稅專票換成符合要求的發(fā)票，或將發(fā)票金額以物料的形式發(fā)放，或在乙方多發(fā)票金額中抵償一部分。 拓展知識：處理開票的合法合理的辦法還有下列幾種： 一、發(fā)票換票：乙方可以將不符合要求的發(fā)票換成符合要求的發(fā)票； 二、發(fā)票金額抵償：乙方可以用發(fā)票金額抵償一部分； 三、發(fā)票金額以物料的形式發(fā)放：雙方可以討論協商將發(fā)票金額以物料的形式發(fā)放。