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是的，有限責任公司（自然人獨資）可以辦理股權(quán)變更，但是除了股權(quán)變更外，由于現(xiàn)在要把股權(quán)變更為股東B占股99%和股東A（法人）占股1%，此時公司的形式也需要申請變更。股權(quán)變更的程序大致有：首先，股東需要召開股東大會，決定股權(quán)變更，并簽署變更協(xié)議，變更后編制相應(yīng)變更文件等；其次，需要將變更文件報送有關(guān)注冊登記機關(guān)，經(jīng)審核通過，發(fā)給變更后的公司證書；最后，如果股權(quán)變更涉及到財稅方面，還需要向財稅部門申報。 此外，股權(quán)變更還可能需要向稅務(wù)機關(guān)申報，做出應(yīng)稅處理，并且也要做好相關(guān)公司的報稅及注銷手續(xù)。原公司的賬務(wù)檔案集中處理，將原公司的賬務(wù)檔案集中處理，并做出財務(wù)回撥處理，是股權(quán)變更的重要一環(huán)。股權(quán)變更前，股東應(yīng)根據(jù)一般的準備工作情況同意變更，并準備必要的資料，以便變更完成后，向稅務(wù)機關(guān)進行申報備案。