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根據(jù)《中華人民共和國增值稅暫行條例》第三十四條第八項(xiàng)之規(guī)定，購買農(nóng)業(yè)生產(chǎn)用的物品所開具的發(fā)票，其稅率不得超過九％，也就是說，農(nóng)民出售的樹苗和北京生態(tài)有限公司出售的草籽和樹苗，開具免稅的增值稅普通發(fā)票，兩者都可以按九％的扣除率計(jì)算抵扣進(jìn)項(xiàng)稅。 同時，要求企業(yè)留存發(fā)票，以備稅務(wù)機(jī)關(guān)核查，而且，在做銷項(xiàng)稅稅率計(jì)算時，還會涉及到增值稅定額扣除及專票處理問題，因此，在進(jìn)行銷項(xiàng)稅稅率計(jì)算時，企業(yè)必須有良好的內(nèi)部管理制度，以確保發(fā)票真實(shí)，準(zhǔn)確的做好抵扣稅金的登記和備案工作。 拓展知識： 增值稅定額扣除是指按照國家規(guī)定的定額標(biāo)準(zhǔn)，在不改變企業(yè)納稅義務(wù)和納稅能力的情況下，對企業(yè)購進(jìn)貨物及勞務(wù)支付的稅款（即進(jìn)項(xiàng)稅額）依法進(jìn)行一定比例的減免，實(shí)現(xiàn)部分稅收減免的稅收優(yōu)惠政策。其中，專用發(fā)票主要用于銷售和服務(wù)出口、出口進(jìn)口業(yè)務(wù)、免稅及不征收增值稅、集體福利性消費(fèi)以及政府采購等業(yè)務(wù)，適用的稅率為0%。因此，企業(yè)主要依據(jù)發(fā)票的類型來判斷是否可以按照9%的扣除率計(jì)算抵扣進(jìn)項(xiàng)稅。