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在分公司和總公司不在同一個城市的情況下，除了企業(yè)所得稅以外的稅種，分公司和總公司的納稅是分別申報的。根據(jù)《稅收征收管理法》的規(guī)定，在分公司和總公司不在同一個城市的情況下，分公司和總公司應(yīng)分別登記，分別申報稅種，分別繳納稅款。除了企業(yè)所得稅，其他稅種如增值稅、消費稅等，分公司和總公司的申報納稅也是分別的。分公司只需要申報自身的增值稅、消費稅、營業(yè)稅等稅種，而總公司也只申報自身的增值稅、消費稅、營業(yè)稅等稅種，分別繳納稅款。