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如果公司員工曠工扣工資的金額大于了應發(fā)工資，多余的部分應該按照公司的規(guī)章制度進行處理。通常情況下，公司規(guī)章制度會規(guī)定曠工扣工資的具體標準和扣款上限，如果員工曠工導致扣款超過了這個標準或上限，公司可以采取其他措施來處理多余的扣款。 一種可能的處理方式是將多余的扣款作為員工欠款處理，計入員工的個人欠賬記錄中，在未來的工資發(fā)放中進行扣除，直到欠款還清為止。另一種可能的處理方式是將多余的扣款作為公司內(nèi)部的罰款處理，用于獎勵那些表現(xiàn)優(yōu)秀的員工或者作為公司的其他用途。