《企業(yè)研究開發(fā)費用稅前扣除管理辦法》規(guī)定，企業(yè)根據(jù)財務會計核算和研發(fā)項目的實際情況，對發(fā)生的研發(fā)費用進行收益化或資本化處理的，可按下述規(guī)定計算加計扣除：
�。�1）加計抵扣。研發(fā)費用計入當期損益未形成無形資產的，允許再按其當年研發(fā)費用實際發(fā)生額的50%，直接抵扣當年的應納稅所得額。這里需要注意的是，《企業(yè)研究開發(fā)費用稅前扣除管理辦法》沒有對虧損企業(yè)是否可以享受該類抵扣等問題給予答復，但筆者認為，虧損企業(yè)符合條件的研發(fā)費用也可享受加計抵扣待遇。因為，無論是從應納稅所得額的計算過程，還是結合《關于印發(fā)〈中華人民共和國企業(yè)所得稅年度納稅申報表〉的通知》（國稅發(fā)[2008]101號）規(guī)定的年度申報表格式進行判斷，加計扣除的實質都是在計算出納稅調整后所得或應納稅所得額之前的一個扣除項目，如果虧損企業(yè)不允許扣除加計的研發(fā)費用，等于沒有計算出納稅調整后所得或應納稅所得額。對于虧損企業(yè)扣除加計的研發(fā)費用后進一步形成的虧損，應按照稅法對年度虧損的要求后轉5年進行補虧。
（2）加計攤銷。研發(fā)費用形成無形資產的，按照該無形資產成本的150%在稅前攤銷。除法律另有規(guī)定外，攤銷年限不得低于10年。但此規(guī)定并不等同于無形資產成本本身按照150%攤銷，因為進入無形資產成本的支出不一定都是研發(fā)費用，比如研發(fā)形成的無形資產成本中還可能包括一部分允許資本化的借款費用，這部分借款費用一般不能享受加計攤銷的優(yōu)惠。對于享受加計攤銷優(yōu)惠的無形資產而言，假設其賬面余額（原價）為500萬元，全部是研發(fā)費用，會計攤銷期為10年，不考慮預計凈殘值。攤銷方法為直線法，年末對應的“累計攤銷”賬面余額為200萬元（截止當年年末已經(jīng)攤銷4年），則按照會計準則確定的無形資產賬面價值為300萬元。在企業(yè)收回資產賬面價值的過程中，計算應納稅所得額時按照稅法規(guī)定可以自應稅經(jīng)濟利益中抵扣的金額為300×150%=450（萬元），即按照所得稅會計準則確定的計稅基礎為450萬元。無形資產賬面價值300萬元和計稅基礎450萬元之間的差額150萬元屬于可抵扣暫時性差異，如果假定該企業(yè)屬于國家需要重點扶持的高新技術企業(yè)，適用15%的所得稅優(yōu)惠稅率，并且企業(yè)預計很可能取得足夠的用來抵扣可抵扣暫時性差異的應納稅所得額，則該企業(yè)年末應確認的遞研所得稅資產為22.5萬元。
需要說明的是，稅法沒有對研發(fā)費用的費用化處理或資本化處理的適用條件進行規(guī)范，此時，只能依據(jù)會計準則的相關規(guī)定進行判斷。對于企業(yè)自行進行的研發(fā)項目，無形資產準則要求區(qū)分研究階段與開發(fā)階段分別進行核算。研究活動是否能在未來形成成果，即通過開發(fā)后是否會形成無形資產均有很大的不確定性，企業(yè)也無法證明其研究活動一定能夠形成帶來未來經(jīng)濟利益的無形資產，因此，研究階段的有關支出在發(fā)生時應費用化計入當期損益。而開發(fā)階段相對于研究階段更進一步，且很大程度上形成一項新產品或新技術的基本條件已經(jīng)具備，此時如果企業(yè)能證明滿足無形資產的定義及相關確認條件，則所發(fā)生的開發(fā)支出可按無形資產會計準則予以資本化，確認為無形資產的成本。