補充養(yǎng)老、醫(yī)療保險的性質(zhì)有著特別之處，其在財稅處理方面也有特殊性。
補充養(yǎng)老保險、醫(yī)療保險是在基本養(yǎng)老保險、醫(yī)療保險基礎(chǔ)上，政府以政策指導和政策優(yōu)惠為導向，用工單位和員工共同出資，以資金積累和運作增值為主要特征，以提高出資單位員工的養(yǎng)老待遇為主要特點的社會保險的重要組成部分。基于補充養(yǎng)老保險的以上特點，因此其是否繳納、繳納比例都比較靈活，可由單位根據(jù)自身效益決定，根據(jù)不同的比例要求報有關(guān)部門備案或者批準即可。
制度銜接
《中華人民共和國企業(yè)所得稅法實施條例》中規(guī)定，企業(yè)為投資者或者職工支付的補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費，在國務(wù)院財政、稅務(wù)主管部門規(guī)定的范圍和標準內(nèi)，準予扣除。進而《關(guān)于補充養(yǎng)老保險費補充醫(yī)療保險費有關(guān)企業(yè)所得稅政策問題的通知》（財稅[2009]27號）規(guī)定，自2008年1月1日起，企業(yè)根據(jù)國家有關(guān)政策規(guī)定，為在本企業(yè)任職或者受雇的全體員工支付的補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費，分別在不超過職工工資總額5%標準內(nèi)的部分，在計算應(yīng)納稅所得額時準予扣除；超過的部分，不予扣除。
新政策與原規(guī)定《國家稅務(wù)總局關(guān)于執(zhí)行〈企業(yè)會計制度〉需要明確的有關(guān)所得稅問題的通知》（國稅發(fā)[2003]45號）的不同主要有兩點：一是支付的對象不同，老政策規(guī)定支付補充養(yǎng)老保險費和補充醫(yī)療保險費的對象是全體雇員，新政策規(guī)定的對象為投資者或者職工；二是規(guī)定支付標準的權(quán)限主體不同，老政策規(guī)定按國務(wù)院或省級人民政府規(guī)定的比例或標準，新政策規(guī)定為按國務(wù)院財政、稅務(wù)主管部門規(guī)定的范圍和標準，將省級人民政府規(guī)定的權(quán)限廢除，避免全國各地執(zhí)行標準不一致，改按由國務(wù)院財政、稅務(wù)主管部門統(tǒng)一規(guī)定的范圍和標準執(zhí)行。
財稅[2009]27號的發(fā)布日期和執(zhí)行起始日不同，要求從2008年1月1日起執(zhí)行，而該文件的發(fā)文日期是6月2日，已過匯算清繳期，納稅人無法在匯算清繳時執(zhí)行，只能在匯算清繳期過后再按規(guī)定重新計算2008年度稅款。根據(jù)《中華人民共和國稅收征收管理法》第五十二條規(guī)定，因稅務(wù)機關(guān)的責任，致使納稅人、扣繳義務(wù)人未繳或者少繳稅款的，稅務(wù)機關(guān)在三年內(nèi)可以要求納稅人、扣繳義務(wù)人補繳稅款，但是不得加收滯納金，因此，應(yīng)該可以理解為不要加收滯納金。如果納稅人因財稅[2009]27號文件規(guī)定而涉及多繳稅款的，納稅人可以按規(guī)定向稅務(wù)機關(guān)要求退還多繳的稅款并加算銀行同期存款利息；如果納稅人因財稅[2009]27號文件規(guī)定而涉及補稅的，稅務(wù)機關(guān)可以要求納稅人補繳稅款，但不得加收滯納金。
計稅基數(shù)
補充養(yǎng)老保險、醫(yī)療保險以職工工資總額為基數(shù)。工資、薪金總額，是指企業(yè)按照《國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)工資、薪金及職工福利費扣除問題的通知》（國稅函[2009]3號）第一條規(guī)定實際發(fā)放的工資、薪金總和，不包括企業(yè)的職工福利費、職工教育經(jīng)費、工會經(jīng)費以及養(yǎng)老保險費、醫(yī)療保險費、失業(yè)保險費、工傷保險費、生育保險費等社會保險費和住房公積金。屬于國有性質(zhì)的企業(yè)，其工資、薪金，不得超過政府有關(guān)部門給予的限定數(shù)額；超過部分，不得計入企業(yè)工資、薪金總額，也不得在計算企業(yè)應(yīng)納稅所得額時扣除。
第一條規(guī)定，所謂合理工資、薪金，是指企業(yè)按照股東大會、董事會、薪酬委員會或相關(guān)管理機構(gòu)制訂的工資、薪金制度規(guī)定，實際發(fā)放給員工的工資、薪金。因此，財稅[2009]27號文件中的工資總額，應(yīng)該等同于國稅函[2009]3號文件中的工資、薪金總額，其計算口徑應(yīng)該和計算職工福利費支出、職工教育經(jīng)費支出、工會經(jīng)費支出所用的工資、薪金總額一樣，都是按企業(yè)實際發(fā)放的工資、薪金總額。《國家稅務(wù)總局關(guān)于〈中華人民共和國企業(yè)所得稅年度納稅申報表〉的補充通知》（國稅函[2008]1081號）的“附表三《納稅調(diào)整項目明細表》填報說明”規(guī)定，“工資薪金支出”：第1列“賬載金額”，納稅人按照國家統(tǒng)一會計制度計入成本費用的職工工資、獎金、津貼和補貼填報。第2列“稅收金額”，納稅人按照稅收規(guī)定允許稅前扣除的工資、薪金填報。如第1列≥第2列，第1列減去第2列的差額填入第3列“調(diào)增金額”；如第1列＜第2列，第2列減去第1列的差額填入第4列“調(diào)增金額”。
計稅扣除
企業(yè)只為少數(shù)職工支付補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費，是否在計算應(yīng)納稅所得額時準予扣除？
根據(jù)《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于補充養(yǎng)老保險費補充醫(yī)療保險費有關(guān)企業(yè)所得稅政策問題的通知》（財稅[2009]27號）規(guī)定：“自2008年1月1日起，企業(yè)根據(jù)國家有關(guān)政策規(guī)定，為在本企業(yè)任職或者受雇的全體員工支付的補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費，分別在不超過職工工資總額5%標準內(nèi)的部分，在計算應(yīng)納稅所得額時準予扣除；超過的部分，不予扣除。”根據(jù)上述規(guī)定，“本企業(yè)任職或者受雇的全體員工”支付的補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費，分別在不超過“職工工資總額”5%標準內(nèi)的部分，在計算應(yīng)納稅所得額時準予扣除。如果不是全體員工都參加補充保險，那么就不能使用職工工資總額作為扣除基數(shù)。
【例】振興股份公司2009年為職工實際支付的工資、薪金總額為500萬元，均系合理的工資、薪金支出。該企業(yè)2009年按工資、薪金支出總額的7%為職工支付補充養(yǎng)老保險費、3%為補充醫(yī)療保險費。即支付補充養(yǎng)老保險費35萬元，支付補充醫(yī)療保險費15萬元。按財稅[2009]27號文件規(guī)定，該公司在計算應(yīng)納稅所得額時允許稅前扣除的補充養(yǎng)老保險費和補充醫(yī)療保險費限額均為500×5%＝25（萬元）。補充養(yǎng)老保險超標35－25＝10（萬元），補充醫(yī)療保險不超標，可以扣除15萬元，因此，該公司2009年應(yīng)調(diào)增應(yīng)納稅所得額10萬元，注意兩項分別在限額內(nèi)扣除，不可合計使用。
個稅征收
依據(jù)《中華人民共和國個人所得稅法》及財稅字[1997]144號文件規(guī)定：“企業(yè)和個人按照國家或地方政府規(guī)定的比例提取并向指定金融機構(gòu)實際繳付的住房公積金、醫(yī)療保險金、基本養(yǎng)老保險金不計入個人當月的工資、薪金收入，免征個人所得稅。超過國家或地方政府規(guī)定的比例繳付的住房公積金、醫(yī)療保險金、基本養(yǎng)老金，應(yīng)將其超過部分計入個人當月的工資、薪金收入，計征個人所得稅。”國稅函[1999]615號批復中也明確：“對職工取得的補充養(yǎng)老保險金應(yīng)全部計入發(fā)放當月個人的工資、薪金收入，合并計征個人所得稅。”即根據(jù)現(xiàn)行的《個人所得稅法》規(guī)定，基本養(yǎng)老保險醫(yī)療保險可在稅前扣除，但是單位為您繳納的補充養(yǎng)老保險和補充醫(yī)療保險必須在稅后扣除。
【例】北京市某企業(yè)職工劉某于2009年8月取得工資薪金5000元，另外該企業(yè)為劉某繳付超過規(guī)定比例的醫(yī)療保險金、基本養(yǎng)老保險金3000元，則劉某2009年8月份應(yīng)當繳納的個人所得稅（工資、薪金）計算如下：（5000＋3000－2000）×20%－375＝825（元）