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（1）核算對象不同。事業(yè)單位會計，是各級各類事業(yè)單位核算、反映、監(jiān)督事業(yè)計劃執(zhí)行的會計。它不僅要核算預(yù)算資金的領(lǐng)取、創(chuàng)收、使用及執(zhí)行結(jié)果，又要核算經(jīng)營資金活動過程及其結(jié)果。而財政會計只核算預(yù)算資金的籌集、分配和執(zhí)行結(jié)果。 　?。?）會計結(jié)賬基礎(chǔ)不同。事業(yè)單位會計核算內(nèi)容，決定它的結(jié)賬基礎(chǔ)既采用“收付實現(xiàn)制”，又采用“權(quán)責(zé)發(fā)生制”。在同一個事業(yè)單位可同時采用兩種會計結(jié)賬基礎(chǔ)。對非成本核算的單位的預(yù)算資金收付，采用收付實現(xiàn)制。對實行成本核算的單位，則采用權(quán)責(zé)發(fā)生制作為會計結(jié)賬基礎(chǔ)。 　　（3）會計核算內(nèi)容不同。事業(yè)單位會計核算內(nèi)容較財政會計更廣，不僅要核算預(yù)算收支余超，用以考核事業(yè)單位預(yù)算資金使用效果，還要核算成本費用，計算收益，以考核實行成本核算或有項目成本費用核算單位在保證社會效益前提下，經(jīng)營資金使用效益水平。 　?。?）會計科目設(shè)置、會計報表種類不同。事業(yè)單位會計科目設(shè)置，必須根據(jù)事業(yè)單位財務(wù)管理要求，滿足會計核算需要，有利于加強(qiáng)事業(yè)單位管理。在會計科目設(shè)置上，既有預(yù)算資金收支科目，又有成本費用科目。事業(yè)單位會計報表有經(jīng)營支出明細(xì)表、凈資產(chǎn)變動情況表等，而財政會計報表中無此表