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增值稅方面 一般情況下，農(nóng)業(yè)合作社收到的與農(nóng)業(yè)生產(chǎn)、銷售農(nóng)產(chǎn)品直接相關(guān)的補(bǔ)貼，如農(nóng)產(chǎn)品種植補(bǔ)貼、養(yǎng)殖補(bǔ)貼等，通常不需要繳納增值稅。因為這些補(bǔ)貼不屬于增值稅應(yīng)稅行為產(chǎn)生的收入。 但如果補(bǔ)貼是與增值稅應(yīng)稅貨物或應(yīng)稅行為（非農(nóng)業(yè)相關(guān)的經(jīng)營活動）有關(guān)，可能需要繳納增值稅。例如，合作社收到一筆用于農(nóng)產(chǎn)品加工后非免稅產(chǎn)品銷售環(huán)節(jié)的補(bǔ)貼，且該補(bǔ)貼與加工銷售應(yīng)稅產(chǎn)品的收入掛鉤，這部分補(bǔ)貼可能需要繳納增值稅。 企業(yè)所得稅方面 對于符合規(guī)定的財政性補(bǔ)貼，可作為不征稅收入。根據(jù)相關(guān)規(guī)定，企業(yè)從縣級以上各級人民政府財政部門及其他部門取得的應(yīng)計入收入總額的財政性資金，若同時符合以下條件，可以作為不征稅收入：一是企業(yè)能夠提供規(guī)定資金專項用途的資金撥付文件；二是財政部門或其他撥付資金的政府部門對該資金有專門的資金管理辦法；三是企業(yè)對該資金以及以該資金發(fā)生的支出單獨進(jìn)行核算。 不過，不征稅收入用于支出所形成的費用，不得在計算應(yīng)納稅所得額時扣除；用于支出所形成的資產(chǎn)，其計算的折舊、攤銷不得在計算應(yīng)納稅所得額時扣除。如果不符合上述不征稅收入條件，或者合作社選擇不將補(bǔ)貼作為不征稅收入處理，那么補(bǔ)貼收入通常需要計入應(yīng)稅所得，繳納企業(yè)所得稅。