由于非關(guān)稅壁壘不斷增加及東非共同體各成員國間貿(mào)易政策無法協(xié)調(diào)一致，東非共同體共同市場草案實施過程中充滿阻力。由此，東非共同體私營部門建議將東非共同體秘書處轉(zhuǎn)變?yōu)橛梢粐偨y(tǒng)領(lǐng)導(dǎo)的自治委員會，通過向該機構(gòu)授權(quán)從而監(jiān)督草案的實施。如委員會成立，總統(tǒng)要確保共同體決定得以執(zhí)行，并要對任何破壞條約規(guī)定或草案的成員國或個人予以責任追究。
近日，在坦桑尼亞舉行的東非商會共同市場促進論壇上，東非商會研究員表示，東非共同體各機構(gòu)協(xié)調(diào)出現(xiàn)的問題大大降低了共同體政策制定和實施的有效性。東非共同體于2005年1月簽署關(guān)稅同盟協(xié)議，協(xié)議規(guī)定除部分敏感商品外，取消成員國間關(guān)稅和非關(guān)稅壁壘，但個別成員國利用東非共同體秘書處機構(gòu)松散時機，仍部分保留了壁壘。目前東非共同體立法大會、審判法院和秘書處并沒有充分組建，對于提供較高水平的一體化服務(wù)還存在問題。
