1.宏觀利益與微觀利益難以協(xié)調(diào)。國家與市場主體是兩種不同的利益主體，追求的利益方式存在一定的差異。市場主體微觀利益與國家宏觀利益發(fā)生矛盾時，普遍地表現(xiàn)為前者對后者的侵蝕。這時，內(nèi)部審計既要保護國家利益不受損害，又要維護市場主體利益，使內(nèi)審機構往往陷于雙益兼顧的二難境地。內(nèi)部審計人員往往受其所處地位、環(huán)境的影響，從本位利益出發(fā)，追求市場主體的“利益最大化”，從而程度不同地損害了國家利益。

　　2.監(jiān)督與服務難以統(tǒng)一。內(nèi)部審計的本質(zhì)是既監(jiān)督又服務，但監(jiān)督與服務如何統(tǒng)一，是內(nèi)部審計矛盾的另一表現(xiàn)。實踐表明，內(nèi)部審計的基本職能是查證與評價。查證，即對受托經(jīng)濟責任結果進行核查與證實；評價，即向主要負責人提出報告，表示審計結論。內(nèi)部審計之所以具有監(jiān)督職能，是因為在內(nèi)審機構被定義為獨立的權力機構并經(jīng)授權之后，表現(xiàn)為一種權力行為能夠?qū)α硪环N權力行為進行控制，其監(jiān)督的本質(zhì)才體現(xiàn)出來。從這個角度看，監(jiān)督應該是第一位，具有權力實施的強制性，為此形成內(nèi)部審計服務職能的第二性特征。前者表現(xiàn)為強制性的目標，使用強制性手段，與后者表現(xiàn)的服務特點存在政策與方法上的不對稱，從而形成監(jiān)督與服務職能的矛盾。

　　3.獨立性地位無從體現(xiàn)。獨立性是內(nèi)部審計的前提條件。但內(nèi)審人員往往因單位領導干預、利益關系制約、人際關系影響，使內(nèi)審機構及其人員不能客觀、真實、公正、全面地開展工作。由于沒有獨立性地位，缺乏權威性評價，所做出的內(nèi)審意見和處理決定常常因管理體制上的影響而得不到有效的貫徹執(zhí)行。

　　4.審計決定與執(zhí)行效果難以到位?！皩徲嬕锥鴪?zhí)行難”，這是內(nèi)部審計存在的又一個突出問題。這一問題的產(chǎn)生，就其客觀原因看，由于時間的遷移和人員的變動，審計結論和決定不能得到及時的落實和處理；管理的松弛和無序，或無章可循、或有章不循，又將其束之高閣，結果是違規(guī)違紀行為難以查處。就主觀因素看，由于諸多經(jīng)濟問題大都與各級“烏紗”的實際相聯(lián)系，而共同的利害又極易使其結成權力網(wǎng)。盡管“拔出蘿卜帶出泥”，盡管爛泥下面又露出極具現(xiàn)代特色的“蘿卜”，然而，經(jīng)過“權力網(wǎng)”的精心庇護和有目的變通后，大事化小，小事化了，內(nèi)審中所發(fā)現(xiàn)的諸如腐敗行為仍然能夠腐而不敗，“蘿卜”依舊，“烏紗”依舊。

　　5.內(nèi)審素質(zhì)與質(zhì)量難以匹配。由于內(nèi)部審計發(fā)展的初始階段主要側重于以查錯防弊為目的的財務審計，故內(nèi)審人員大都來自財會部門，內(nèi)審人員專業(yè)素質(zhì)普遍不高，結構不盡合理。隨著市場主體現(xiàn)代制度的完善，內(nèi)部審計由單純財務審計向內(nèi)部控制制度延伸，并最終轉移到效益評價上來。內(nèi)審人員素質(zhì)與內(nèi)部審計發(fā)展要求不相適應，最終影響內(nèi)審工作的質(zhì)量。

　　6.內(nèi)審與外審主從關系難以體現(xiàn)。在構成審計監(jiān)督體系的國家、內(nèi)部和社會三大審計中，國家審計是主導，內(nèi)部審計和社會審計是從屬。但在實際操作中，三大審計卻是各自獨立、不可替代地在不同的領域內(nèi)各司其職，其主導與從屬的關系很難體現(xiàn)。雖然《審計法》早已規(guī)定了內(nèi)部審計應當接受國家審計的指導和監(jiān)督，但由于內(nèi)部審計是處在外部指導與主管領導之間，內(nèi)審工作往往無所適從，主從關系的確立有待于外部環(huán)境的進一步改善。

　　7.內(nèi)審人員與內(nèi)部關系影響復雜。內(nèi)審人員與市場主體內(nèi)其他成員之間存在著領導與被領導的關系，以及派生出來的與各級領導的關系。此外，還有與各部門管理人員之間的關系。相對于某一具體審計事項，這些關系對內(nèi)審人員都或多或少地形成來自于各方面的干擾。這種干擾往往會使內(nèi)審人員的報告為保證內(nèi)部管理人員所能接受而受到折衷和妥協(xié)。這也是市場主體內(nèi)審工作難以發(fā)揮職能、實現(xiàn)有序運營的根本原因之一。

　　二、內(nèi)審工作的方法與措施

　　1.建立健全內(nèi)審機構。完善內(nèi)部審計制度是現(xiàn)代生產(chǎn)力發(fā)展的要求，是規(guī)范現(xiàn)代市場主體的關鍵。一要合理界定內(nèi)部審計職能；二要保證內(nèi)部審計的獨立性。合理界定內(nèi)部審計職能，要從市場主體管理者的角度，以滿足管理者的需要為前提，約束監(jiān)督市場主體的內(nèi)部分權行為。建立健全內(nèi)審機構要從單純的查錯的歷史審計，轉向市場主體預期評價方面，通過細化分權的控制程序，實現(xiàn)市場主體的過程前、過程中、過程后的全程控制，以此為基礎，根據(jù)市場主體的個性特點和控制特性，設計、界定內(nèi)審職能。內(nèi)部審計獨立性是審計的靈魂，離開了獨立性，審計的任何結論將失去獨立的控制作用。內(nèi)部審計是市場主體層級管理與層次經(jīng)營的分權產(chǎn)物，獨立性就是根據(jù)這一分權制度建立的。獨立性存在兩方面含義，一是內(nèi)部審計部門要獨立于被監(jiān)督者，這是履職的保證。二是內(nèi)部審計要有獨立的引證權，這是執(zhí)法的保證。因此，內(nèi)部審計的獨立性體系應體現(xiàn)：內(nèi)部審計業(yè)務應由最高管理當局委托并授權；內(nèi)部審計部門的人員由最高管理當局委派；內(nèi)部審計部門的經(jīng)費核算不受到其他部門的牽制，尤其不能受到財務會計部門的牽制；內(nèi)部審計人員不參與所要審計的業(yè)務活動。

　　2.加強內(nèi)審的制度化建設。內(nèi)部審計機構是根據(jù)國家審計法要求設立的，應接受國家審計部門的工作指導。內(nèi)部審計與外部審計的側重點不同，但審計的對象均是市場主體的財政、財務收支。隨著我國市場經(jīng)濟體制的逐步完善，法制建設的逐步規(guī)范，以及市場主體遵紀守法觀念的加強，經(jīng)營主體將逐步走向規(guī)范化，依法經(jīng)營。內(nèi)審與外審就都能做到審計評價的公正，結論的準確，審計的目的也將趨向一致。

　　3.提高內(nèi)審人員的素質(zhì)。提高內(nèi)審人員素質(zhì)除了提高政治、經(jīng)濟生活待遇外，還要針對內(nèi)審人員知識結構單一、知識老化的客觀實際，加強內(nèi)審人員的在職培訓，輔之以必要的復合型人才的引進。這是降低審計風險、減少審計成本、完成預期審計目標的根本保證，也是解決內(nèi)部審計素質(zhì)與質(zhì)量矛盾的有效手段。

　　4.選擇好內(nèi)部審計工作的重點。內(nèi)部審計工作的重點在時間上應從事后審計轉向事前、事中審計，做到事后檢查與事前、事中檢查的有機結合；在工作內(nèi)容上，將從查處違規(guī)違紀審計轉向內(nèi)控制度審計、績效審計，通過設立內(nèi)審指標體系，提高資金運行效率，為創(chuàng)新管理體制和運行機制服務。就內(nèi)容而論，績效審計包括對人力資源的結構、質(zhì)量、利用程度、資金籌集和經(jīng)濟活動的成本核算、質(zhì)量控制以及投資效益等進行審計。它具有一定的預測性質(zhì)，以規(guī)范科學的審計工作程序為后盾。在我國，績效審計開展比較緩慢，缺乏詳細的績效標準，只能參考并不完善的行業(yè)標準。因此，績效審計只能是抓住重點，對決策過程進行可行性分析和評價。

　　5.實現(xiàn)內(nèi)部審計因素的全面整合。無論是單位內(nèi)部審計，還是系統(tǒng)內(nèi)的“上審下”，審計方法均應從現(xiàn)行的以賬表為主導的審計與以內(nèi)部控制系統(tǒng)為主導的審計相結合的審計方式，轉向以內(nèi)部控制系統(tǒng)為主導的審計與以業(yè)務為主導的風險審計相結合的審計方式。由于市場主體未來環(huán)境變化，信息系統(tǒng)的網(wǎng)絡化，要求審計重視風險性檢查，并全面整合內(nèi)審因素，即企業(yè)自審與經(jīng)濟責任審計相結合；任中審計與任期審計相結合；審計查證與調(diào)查分析相結合；詳查與抽查相結合；經(jīng)濟責任審計與離任交接審計相結合。

　　6.實現(xiàn)內(nèi)審的信息化。審計技術手段從手工審計逐步向計算機輔助審計過渡，要求建立一個內(nèi)審意見資料庫加以配合，一方面可以讓內(nèi)審人員參考其他檢查人員的意見和經(jīng)驗，另一方面也可以使內(nèi)審分析和意見標準化，最終進行計算機審計。