一、所用會計科目不同
在處理同一業(yè)務(wù)時，事業(yè)和企業(yè)單位所做的會計分錄形式相同，借貸方向相同，但因不同制度所規(guī)定的會計科目名稱不同而將有關(guān)內(nèi)容分別記入不同的賬戶。如借款的核算，在借入時，企業(yè)按期限長短分別記入“短期借款”或“長期借款”科目，而事業(yè)單位則不分長期或短期借款，一概記入“借入款項”科目。
二、因單位性質(zhì)不同存在賬務(wù)處理差異
1、因是否從事產(chǎn)品生產(chǎn)而導致的差異。這類差異應(yīng)分兩種情況，一是要區(qū)別從事產(chǎn)品生產(chǎn)的事業(yè)單位和不從事產(chǎn)品生產(chǎn)的事業(yè)單位在賬務(wù)處理上存在差別，要區(qū)別對待。二是同樣從事產(chǎn)品生產(chǎn)，事業(yè)單位與企業(yè)單位在賬務(wù)處理上仍有差異。以材料采購業(yè)務(wù)為例。企業(yè)的做法分一般納稅人和小規(guī)模納稅人兩種，前者在購入時采用不含稅進價，以區(qū)分進項稅額；后者則采用含稅進價。會計分錄為：
（1）一般納稅人企業(yè)：
借：材料采購
應(yīng)交稅金——應(yīng)交增值稅（進項稅額）
貸：銀行存款
�。�2）小規(guī)模納稅人企業(yè)：
借：材料采購
貸：銀行存款
事業(yè)單位在該項業(yè)務(wù)上的會計處理不僅要區(qū)分一般納稅人與小規(guī)模納稅人，還要針對自用或非自用作不同的處理。除一般納稅人事業(yè)單位購入非自用材料采用不含稅進價核算以外，其余情況即：一般納稅人購入自用材料、小規(guī)模納稅人購入自用材料和非自用材料均采用含稅進價核算。會計分錄為：
�。�1）一般納稅人事業(yè)單位購入非自用材料：
借：材料
應(yīng)交稅金——應(yīng)交增值稅（進項稅額）
貸：銀行存款
（2）其余情況；
借：材料
貸：銀行存款
2、因是否實行內(nèi)部成本核算而導致的差異。眾所周知，企業(yè)每期都必須對產(chǎn)品成本進行核算，并和當期的收入相配比，以最終確定經(jīng)營利潤。而事業(yè)單位則分以下情形：實行成本核算的事業(yè)單位在發(fā)生領(lǐng)用材料等支出時，記入“成本費用”賬戶，不實行成本核算的事業(yè)單位在發(fā)生同類支出時，則記入“事業(yè)支出”等賬戶。同時，以此為開端，還會發(fā)生一系列的結(jié)轉(zhuǎn)，該結(jié)轉(zhuǎn)過程圖示如下：
企業(yè)：“材料”→“生產(chǎn)成本”→“產(chǎn)成品”→“產(chǎn)品銷售成本”→“本年利潤”→“利潤分配——未分配利潤”
事業(yè)：1、（實行成本核算的）“材料”→“成本費用”→“產(chǎn)成品”→
�。邸敖�(jīng)營支出”→“經(jīng)營結(jié)余”、“事業(yè)支出”→“事業(yè)結(jié)余”］→“結(jié)余分配——未分配結(jié)余”
2、（不實行成本核算的）“材料”一“事業(yè)支出”一“事業(yè)結(jié)余”→“結(jié)余分配——未分配結(jié)余”
3、因事業(yè)單位業(yè)務(wù)活動的可分性而導致的差異。由于事業(yè)單位的活動根據(jù)其是否屬于專業(yè)業(yè)務(wù)活動或輔助活動可劃分為事業(yè)活動和經(jīng)營活動兩種。相應(yīng)地，事業(yè)單位有關(guān)業(yè)務(wù)活動的收入和支出也包含了事業(yè)收入、事業(yè)支出、經(jīng)營收入、經(jīng)營支出等。這部分內(nèi)容的核算，是事業(yè)單位會計制度和企業(yè)會計制度的一大區(qū)別。以支出的核算為例，如支付行政部門辦公用品費用，企業(yè)的做法為：
借：管理費用
貸：銀行存款
而事業(yè)單位則作為專業(yè)業(yè)務(wù)活動支出：
借：事業(yè)支出
貸：銀行存款
又如：結(jié)轉(zhuǎn)已銷產(chǎn)品成本，企業(yè)的做法為：
借：產(chǎn)品銷售成本
貸：產(chǎn)成品
而事業(yè)單位則作為專業(yè)業(yè)務(wù)活動之外的支出處理：
借：經(jīng)營支出
貸：產(chǎn)成品
三、和企業(yè)單位相比，事業(yè)單位在同一業(yè)務(wù)的處理上，增加了核算步驟
這類差異一般多出現(xiàn)于有關(guān)基金的核算。以購入短期有價證券為例：
企業(yè)的做法：
借：短期投資
貸：銀行存款
事業(yè)單位的做法：
借：對外投資
貸：銀行存款
同時，
借：事業(yè)基金——一般基金
貸：事業(yè)基金——投資基金
同為有價證券購入業(yè)務(wù)，企業(yè)只需用增加短期投資，減少銀行存款一筆會計分錄就可以表示清楚，而事業(yè)單位則因為對外投資引起事業(yè)基金內(nèi)部結(jié)構(gòu)發(fā)生增減變化，必須通過兩步分錄予以反映。又如：購買固定資產(chǎn)企業(yè)的做法：
借：固定資產(chǎn)
貸：銀行存款
事業(yè)單位的做法：
借：事業(yè)支出等科目
貸：銀行存款
同時，
借：固定資產(chǎn)
貸：固定基金
同一筆業(yè)務(wù)，事業(yè)單位和企業(yè)單位相比，既要反映支出的增加，又要反映固定資產(chǎn)和固定基金同時增加。因此，其賬務(wù)處理相對復雜一些。
