所謂會計集中核算，是指將行政事業(yè)單位會計納入政府專門機構(gòu)（以下簡稱“會計中心”）進行集中核算的會計工作組織管理形成。建立會計集中核算體制的原理，是單位資金使用權(quán)和管理權(quán)相分離，其性質(zhì)是會計管理方式的改革。
一、會計集中核算的內(nèi)容和遵循的四項基本原則：
一是會計代理制原則。其基本內(nèi)容是，單位不再設(shè)置會計機構(gòu)，取消會計和出納崗位，只設(shè)報賬員。單位的會計工作，由會計中心安排人員在會計中心集中辦理。
二是單位財務(wù)主體資格不變原則。其基本內(nèi)容是，單位的資金使用權(quán)不變，單位原有的資金籌措渠道和債權(quán)債務(wù)關(guān)系不變。
三是單位資金由會計中心管理原則。其基本內(nèi)容是，取消單位所有的銀行帳戶，在會計中心的銀行基本帳戶下設(shè)立單位的分帳戶，對單位資金實行集中管理。單位的資金撥付和經(jīng)費支出報帳事宜，需經(jīng)會計中心同意后，由報帳員在單位的銀行分帳戶上辦理。
四是會計中心負責單位會計工作原則。其基本內(nèi)容是，單位的各項支出審批、憑證審核，以及會計資料的收集、立卷和保管由會計中心負責。會計集中核算與審計的關(guān)系，通過以上分析我們可看出，實行會計集中核算，只是會計工作的責任發(fā)生了轉(zhuǎn)移，沒有改變單位的財務(wù)主體資格和財務(wù)責任，也沒有改變單位負責人的會計責任。
因此，無論是對納入單位新財政收支、財務(wù)收支真實性、合法性。有效性，還是對單位負責人的會計責任，以及會計中心相應(yīng)的會計責任，都離不開政府審計的監(jiān)督。
二、會計集中核算對審計的影響
1.對審計對象的影響。由于實行會計集中核算，沒有改變納入單位的財務(wù)主體資格和財務(wù)責作，也沒有改變單位負責人的會計責任，只是單位會計工作的責任部分發(fā)生了轉(zhuǎn)移；所以，納入單位作為財政收支。財務(wù)收支的被審計對象的地位沒有變化，單位負責人作為經(jīng)濟責任審計的被審計對象地位也沒有變化。根據(jù)《審計法》第二條第二款的規(guī)定，“國務(wù)院各部門和地方各級人民政府及其各部門的財政收支、財務(wù)收支，國有的金融機構(gòu)和企業(yè)事業(yè)組織的財務(wù)收支”都應(yīng)當接受審計監(jiān)督，根據(jù)中央兩辦關(guān)于《縣級以下黨政領(lǐng)導(dǎo)干部經(jīng)濟責任審計的暫行規(guī)定》，在會計集中核算后；政府審計不僅要把納入單位作為財政收支、財務(wù)收支的審計對象，把單位負責人納入黨政領(lǐng)導(dǎo)干部經(jīng)濟責任的審計對象，同時還要把會計中心納入審計監(jiān)督的對象。
2.對審計目標的影響。會計集中核算影響到單位部分會計責任的轉(zhuǎn)移，相應(yīng)的影響到審計目標的調(diào)整。新修改的《會計法》第四條規(guī)定“單位負責人對本單位的會計工作和會計資料真實性、完整性負有責任”。一方面，會計集中核算，與原有會計管理形式相比較，使得單位原有的會計利益的一致化和會計責任的完整化格局被打破。主要是會計和出納入員不再是在單位負責人的領(lǐng)導(dǎo)下開展會計工作，而是依法、獨立的行使會計工作職責，如果出現(xiàn)了會計監(jiān)督不力、核算不規(guī)范、甚至出現(xiàn)違反會計法和審計法的行為，會計中心及其有關(guān)會計人員要承擔相應(yīng)的會計工作責任，這種責任是不能推脫的。另一方面，會計集中核算，對會計資料的真實性。完整性，被審計單位及其單位負責人仍然負有完全責任。如果單位制造虛假的會計信息，提交虛假的會計資料，造成會計信息失真，會計核算不準確；單位負責人和財務(wù)主管人員則應(yīng)承擔相應(yīng)的會計法律責任，如果對審計結(jié)論的真實性造成了影響，還要承擔審計法律責任。因此，在審計中，審計不僅要查清被審計對象的會計責任，還要分清會計中心的工作責任，任何否定相應(yīng)會計責任的獨立性，或者否定會計責任的聯(lián)系性，都不能算作完整的審計。因此，會計集中核算后，政府審計應(yīng)當及時調(diào)整審計目標。
3.審計內(nèi)容和重點的影響。審計目標決定審計內(nèi)容，會計管理方式?jīng)Q定審計重點。由于會計集中核算運作存在著階段性，決定著審計在各個時期的工作重點有所不同。會計工作移交階段。審計要把納入單位的財產(chǎn)清理、財務(wù)清理和會計移交手續(xù)情況作為審計重點，同時按照政府要求，審計要擔任好會計移交工作的“監(jiān)交人”。會計中心動作初期。審計需要針對會計、出納不在納入單位工作，身份發(fā)生變化，情況不熟悉，會計核算與單位財務(wù)脫節(jié)，會計核算不準確的問題加強三個方面的監(jiān)督一是要圍繞與單位職能相關(guān)的專項資金和重點問題開展審計，檢查被審計單位執(zhí)行國家經(jīng)濟政策的情況；二是要圍繞單位預(yù)算內(nèi)外收入開展審計，檢查被審計單位落實收支兩條線規(guī)定的情況；三是要圍繞單位各項支出以及發(fā)放津補貼開展審計；檢查被審計單位遵守國家的財經(jīng)法規(guī)和有關(guān)會計集中核算紀律的情況。會計中心穩(wěn)定運行時期。審計對要被審計單位的財務(wù)收支、財務(wù)收支情況實行全方位的審計監(jiān)督，其目的是維護財政經(jīng)濟秩序，保障會計集中核算體制的健康運行。
4.對審計方式和方法的影響。由于會計集中核算，與原會計管理模式比較，開展對被審計單位的審計；在審計機關(guān)與被審計單位之間，增加了會計中心這個中間環(huán)節(jié)，它使得審計程序執(zhí)行環(huán)節(jié)增加，審計的方式和方法的調(diào)整。如，會計資料的收集和取得。審計方案的制定、審計準備、審計報告征求意見形式、審計意見和審計決定的下達方式、審計罰款資金的收繳，、審計意見和建議的督促落實方式、審計的工作方法等都帶來了影響。對此，政府審計及其審計人員需要更新觀念，增強開拓創(chuàng)新意識，一方面要依照審計法規(guī)定的程序進行審計，另一方面；要積極探索新的審計模式和審計方式方法；努力提高審計效率和質(zhì)量，為會計改革服好務(wù)。
三、審計采取的對策
1.建立健全審計制度，為審計監(jiān)督提供法律保障。
為了支持會計改革，審計要建立健全與會計集中核算方式相適應(yīng)的審計法律制度。以法規(guī)形式明確，審計機關(guān)有權(quán)依法對進入會計中心單位的財政收支、財務(wù)收支真實性。合法性和效益性進行審計監(jiān)督，同時，明確審計機關(guān)及其審計人員的職責權(quán)限工作程序和法律責任；明確被審計單位的義務(wù)和責任；明確審計中的會計中心的義務(wù)和責任。使得審計有章可循，有法可依，做到依法審計。
2.規(guī)范審計行為，防范審計風險。
會計集中核算方式下，更加需要進一步規(guī)范審計行為，加強審計風險的防范。與原會計管理方式相比較開展審計，審計需要不再是從被審計單位提取會計資料，而是從會計中心取得被審計單位的帳簿、憑證等會計資料，審計在環(huán)節(jié)上。檢查被審計單位的會計資料真實性、完整性上難度增大。取消了被審計單位的銀行帳戶、被審計單位失去資金管理權(quán)，也對審計檢查被審計單位有否帳外收支、資金體外循環(huán)情況帶來難度和風險。因此，執(zhí)行審計程序，審計人員應(yīng)當做到以下幾點一是審計對被審計單位下達審計通知書，同時也要抄送會計核算中心；履行審計承諾手續(xù)，審計應(yīng)當與被審計單位和會計中心分別簽訂承諾書，承諾書的內(nèi)容要符合針對性和合法性要求。二是審計報告要向被審計單位征求意見，涉及有關(guān)的內(nèi)容要求會計中心的相關(guān)人員參加審計意見書、審計決定書在主送被審計單位的同時，審計機關(guān)認為需要的，可以抄送會計核算中心；審計對涉及問題的處理意見和處罰款額的收繳；由于被審計單位的資金集中在會計中心管理，這樣，在審計報告征求意見后，審計應(yīng)當要來會計中心積極配合審計決定的執(zhí)行、審計處罰款額的清繳，以及審計意見的落實。三是對會計核算中心業(yè)務(wù)質(zhì)量方面的問題，審計機關(guān)應(yīng)當下達審計建議書，并督促其進行整改。
3.改進審計方法，提高審計質(zhì)量。
為了適應(yīng)會計改革和提高審計質(zhì)量；審計要積極推行“一、三、五、七”的工作法。一是要實行審計立項的“一個改進”。實行對所有行政事業(yè)單位的周期安排。輪番審計的立項。二是建立“三位一體”的審計目標：即，通過對單位財政收支、財務(wù)收支活動真實性、合法性、效益性審計，達到查清被審計單位、被審計單位負責人和會計中心責任的工作目標。三是實行審計“五個結(jié)合”的方法；即，把單位的定期審計與經(jīng)濟責任審計、固定資產(chǎn)投資審計等專業(yè)審計相結(jié)合，把審計與專項調(diào)查相結(jié)合，把帳面收支檢查與制度基礎(chǔ)性審計相結(jié)合，把詳細全面審計與抽樣審計相結(jié)合，把帳內(nèi)審計與帳外經(jīng)濟活動檢查相結(jié)合。四是，審計要突出七個重點內(nèi)容的檢查；一是會計移交環(huán)節(jié)，二是會計中心的管理質(zhì)量；三是被審計單位財務(wù)“活”情況，四是專項資金、社會性資金管理和使用情況，五是罰款、收費的票據(jù)使用、管理以及收支兩條線政策執(zhí)行情況；六是固定資產(chǎn)管理及政府采購的規(guī)定執(zhí)行情況，六是特別是要防止乘機亂發(fā)錢物，“三亂”回潮、小金庫，公款私存，貪污私分公款情況的蔓延；維護會計集中核算體制的健康運行。
4.完善審計方式，提高審計效率。
目前，部分地區(qū)會計中心的建設(shè)起點較高，實現(xiàn)了會計電算化，有的還實現(xiàn)與納入單位的會計信息核算系統(tǒng)的聯(lián)網(wǎng)，為了提高政府審計的工作效率，有條件的審計機關(guān)也應(yīng)當加快與會計中心核算系統(tǒng)的聯(lián)網(wǎng)，根據(jù)需要，可以采取直接從網(wǎng)上調(diào)取會計資料開展審計與就地審計結(jié)合方式。同時，審計機關(guān)要積極利用聯(lián)網(wǎng)的優(yōu)勢，建立被審計單位基本情況數(shù)據(jù)庫，為專項審計和黨政領(lǐng)導(dǎo)干部經(jīng)濟責任審計服務(wù)。
5.提高審計人員的素質(zhì)，協(xié)調(diào)好工作關(guān)系。
一是審計人員應(yīng)提高對會計集中核算方式的認識，樹立為改革服務(wù)的思想，加強對會計集中核算這個新生事物的敏銳觀察能力和大膽創(chuàng)新的意識的培養(yǎng)，還要通過組織協(xié)調(diào)能力、語言表達能力、分析解決問題能力的培養(yǎng)；積極探索適應(yīng)會計集中核算靈活、高效的審計模式和方法。二是為適應(yīng)會計集中核算改革的要求，要提高審計人員的文化素質(zhì)和業(yè)務(wù)素質(zhì)，提高法律政策水平和運用計算機審計能力，通過審計鍛煉出一批復(fù)合型人才。審計機關(guān)可以吸收一些信息技術(shù)人員，并對他們進行審計知識培訓(xùn)。三是在審計中，審計人員要加強與有關(guān)部門和單位的聯(lián)系和協(xié)調(diào)，注意好處理好審計與各方面的關(guān)系。