單位年度收入與支出相抵后的余額，數(shù)量上等于財政補助收入、上級補助收入、事業(yè)收入、附屬單位繳款、經(jīng)營收入、其他收入之和減去事業(yè)支出、對附屬單位補助、上繳上級支出、經(jīng)營支出及結(jié)轉(zhuǎn)自籌基建之和。單位的結(jié)余分為事業(yè)結(jié)余和經(jīng)營結(jié)余兩部分，分別核算和管理。
事業(yè)結(jié)余 單位進行科學事業(yè)活動而發(fā)生的各項事業(yè)收入與各項支出相抵后的余額。單位計算事業(yè)結(jié)束余的收入包括：財政補助收入、上級補助收入、事業(yè)收入、附屬單位繳款、其他收入。其中，事業(yè)收入包括：科研收入、技術收入、學術活動收入、科普活動收入、試制產(chǎn)品收入和預算外資金收入等。單位計算事業(yè)結(jié)余的支出包括：事業(yè)支出、結(jié)轉(zhuǎn)自籌基建、對附屬單位補助、上繳上級支出。單位事業(yè)結(jié)余的計算公式是：“事業(yè)結(jié)余=（財政補助收入+上級補助收入+事業(yè)收入+附屬單位繳款+其他收入）-（事業(yè)支出+結(jié)轉(zhuǎn)自籌基建+對附屬單位補助+上繳上級支出）”。
其中：“事業(yè)收入=科研收入+技術收入+學術活動收入+科普活動收入+試制產(chǎn)品收入+預算外資金收入”。
經(jīng)營結(jié)余 單位年度經(jīng)營收入與經(jīng)營支出相抵后的余額。單位計算經(jīng)營結(jié)余的收入包括：產(chǎn)品（商品）銷售收入、經(jīng)營服務收入、工程承包收入、租賃收入、其他經(jīng)營收入、單位計算經(jīng)營結(jié)余的支出包括：產(chǎn)品（商品）銷售成本、經(jīng)營服務成本、工程承包成本、稅金及附加、期間費用。其中，稅金及附加是指由經(jīng)營活動負擔的產(chǎn)品（商品）銷售稅金及附加，以及經(jīng)營服務、工程承包等活動負擔的的稅金及附加，包括營業(yè)稅、城市維護建設稅和教育費附加等。期間費用包括應由經(jīng)營業(yè)務負擔的管理費用和財務費用等。單位經(jīng)營結(jié)余的計算方法是：“經(jīng)營結(jié)余=經(jīng)營收入-經(jīng)營支出”。
結(jié)余分配 單位應按國家有關法律、規(guī)定進行結(jié)余的分配。結(jié)余分配時，需進行兩項扣除：一是實行預算外資金結(jié)余上繳方法的預算外資金結(jié)余，二是專項資金結(jié)存。在做前兩項調(diào)整后，形成可供分配結(jié)余。按照《科學事業(yè)單位財務制度》的規(guī)定，可供分配結(jié)余的分配順序是：經(jīng)營收支結(jié)余彌補以前年度經(jīng)營虧損；主科技成果轉(zhuǎn)化基金；計提職工福利基金；剩余結(jié)轉(zhuǎn)入事業(yè)基金。當本年度出現(xiàn)收支差額時，除經(jīng)營收支差額可留待以后年度由經(jīng)營結(jié)余彌補外，其他收支差額應用以前年度的事業(yè)基金彌補。
